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亲爱的编辑,
我们注意到勃朗宁博士对我们工作的兴趣。不幸的是,我们发现他的信是不正确的,因此在科学上是有误导性的。
在试图进一步分析我们自己的数据时,他对我们的数据集做出了无效的假设,这使得他的计算不准确,他的结论也不恰当。此外,他所引用的文献中省略了c…
在试图进一步分析我们自己的数据时,他对我们的数据集做出了无效的假设,这使得他的计算不准确,他的结论也不恰当。此外,他所引用的文献参考遗漏了这一领域的重要最新数据和评论,并不能代表当前的知识状态。
为了响应我们论文的科学审稿人的要求,我们纳入了294个对照的数据,这些对照的类型要么是DLG变体,要么是OCTN1/2变体,要么是OCTN1/2和DLG5变体。我们加入了OCTN1/2数据(不是本文的重点),作为一个独立于DLG5基因的标记,以表明两组对照是同质的。在这294个对照中,269个样本进行了DLG5基因分型,其中256个样本(95.2%)获得了成功的基因型。因此,对照组的失败率(4.8%)与IBD患者的失败率(4.4%,χ 2分析p=0.78)相似。布朗宁博士获得的Hardy-Weinberg数据不能归因于基因分型失败。
DLG5基因的作用显然是复杂的。Browning博士没有引用一系列与我们工作直接相关的针对欧洲成年人口的大型研究。在与我们的论文相同的Gut卷中,Torok等人[1]显示在德国人群中DLG5 113A变异没有关联,在克罗恩病中113A等位基因频率无显著降低(625名CD患者,1012名对照组)。Vermeire等人对2032个比利时个体进行了研究,使用病例对照分析和传播不平衡测试的策略,并注意到DLG5 113A等位基因对受影响后代的显著传播不足(p=0.01, χ 2分析。[2]来自剑桥[3]和牛津[4]的摘要数据显示没有显著的关联——在出版的论文全文中,剑桥数据的最终分析再次表明克罗恩病的113A等位基因频率没有显著降低(个人交流,Miles Parkes)。
值得注意的是,我们所在单位未发表的数据表明,在儿童期发病疾病中,DLG5 113A等位基因的外显率可能受到性别和环境影响的严重影响(Russell et al.,提交)。
这些问题最近已经成为胃肠病学[5]和最近的欧洲人类遗传学杂志[6,7]上深思熟虑的社论和通信的主题——再次不幸的是,Browning博士没有考虑这些手稿。我们当然强烈地感到,这一领域显然有极大的兴趣,但我们遗憾地发现,勃朗宁博士信中的缺陷可能会产生反效果。
参考文献
1.王晓燕,王晓燕,王晓燕等。克罗恩病中DLG5和OCTN阳离子转运体基因的多态性肠道2005:54:1421-7。
2.维梅尔,皮耶里克,赫拉瓦提等。有机阳离子转运体风险单倍型与肛周穿透性克罗恩病相关,但与IBD易感性无关。胃肠病学2005:129:1845-53。
3.Waller S, Tremelling M, Bredin F, Greenfield S, Parkes M. IBD与TNF-857之间的相关性复制,但与DLG5、NFKB、Keratin 8或TUCAN/CARD8无相关性;
4.Cummings JRF, Herrlinger KR, Ahmad T, Jewell DP。IBD易感基因DLG5的基因型-表型分析。Gut 2005:54:补充2 A95。
5.Trinh TT, Rioux JD。了解炎症性肠病遗传研究中的相关性和因果关系。消化病学2005;29:2106 -2109。
6.Tenesa A, Noble C, Satsangi J, Dunlop M.人群中DLG5与炎症性肠病的关系。Eur Journal Hum Genet 2006年1月4日电子酒吧。
7.戴利·乔丹,里乌斯·JD。在人群中,DLG5与炎症性肠病的关系。Eur Journal Hum Genet 2006年1月4日电子酒吧。
Noble和他的同事[1]最近的研究没有发现DLG5 G113A多态性与炎症性肠病(IBD)或克罗恩病(CD)有关联。之前在其他欧洲人群中的研究报告了IBD和CD患者中113A等位基因频率的增加[2,3],但与之形成鲜明对比的是,Noble等人[1]报告了1…
Noble和他的同事[1]最近的研究没有发现DLG5 G113A多态性与炎症性肠病(IBD)或克罗恩病(CD)有关联。之前在其他欧洲人群中的研究报告了IBD和CD患者中113A等位基因频率的增加[2,3],但与之形成鲜明对比的是,Noble等人[1]报告了IBD患者和CD患者中113A等位基因的载体频率下降的趋势(p=0.069)。
我们认为有理由重新检查Noble等人报告中使用的基因型数据。
首先,IBD患者与对照组之间基因型缺失的比例存在显著差异(p<0.00001, Fisher确切检验)。使用中的数据表1而且表3[1]基因型缺失率在对照组为13%,在IBD患者为4%。这种差异强烈提示IBD和对照样本之间的DNA质量或基因分型过程存在差异。
第二,利用数据表3IBD患者中G113A多态性未达到Hardy-Weinberg平衡(HWE) (HWE p值=0.0056,似然比检验)。Hardy-Weinberg平衡描述了在随机交配群体中等位基因和基因型频率的关系,而对照中偏离HWE通常用于检验基因型错误如果G113A多态性与IBD疾病状态无关,那么我们预计G113A多态性在IBD患者的HWE中存在。在Hardy-Weinberg平衡下,IBD患者的杂合子比预期的要少,这可能与Noble等人报道的IBD患者与对照组之间的杂合子频率差异(p=0.033)以及CD患者与对照组之间的杂合子频率差异(p=0.029)有关。[1]杂合子频率差异的一个可能解释是,IBD患者的基因分型错误是由113A等位基因缺失引起的。
IBD患者中缺失基因型率和偏离HWE的差异表明,作为本研究结论基础的基因型数据的质量应该进行调查。
1.Noble CL, Nimmo ER, Drummond H等(2005)在苏格兰人群中,DLG5变异不影响炎症性肠病的易感性。肠道2005;54:1416-20。
2.Stoll M, Corneliussen B, Costello CM,等(2004)DLG5基因变异与炎症性肠病相关。Nat Genet 2005;36:476-80。
3.Daly MJ, Pearce AV, Farwell L,等(2005)DLG5 R30Q变异与炎症性肠病的关系。中华医学杂志2005;13:835- 9。
4.忠实的SM。通过偏离Hardy-Weinberg平衡检测基因分型错误和伪snp。Genet Epi 2005;29:204-14。