(1)“在患有某种疾病的动物的所有病例中都应显示存在某种特定的有机体，但在健康的动物中不应发现这种有机体”

这一假设要求高水平的实验室方法和临床病理鉴定的敏感性具体的克罗恩病能被归为这一类吗?在科赫的时代，共生微生物的重要概念还没有发展出来。

(2)“特定微生物应从患病动物中分离出来，并在人工实验室培养基上纯培养”

这需要实验室的方法，而目前还没有实现。

(3)“这种新鲜分离的微生物，当接种到健康的实验动物中时，应引起与原动物相同的疾病”

对于假定的微生物疾病，动物模型并不总是可用的，人们认识到转基因传播可能导致不同的疾病。

(4)“微生物应在纯培养中与实验感染重新分离”

再说一次，目前实验室培养并不总是可行的。

科赫是一位伟大的科学家，他非常清楚地认识到，微生物对疾病的解释比他的假设要多，他的假设具有非常高的特异性，但敏感性非常低。恐怕微生物科学必须超越科赫的假设来寻找“证据”，我们必须重新思考本世纪新发现的微生物疾病的证明概念。

因为没有绝对的证据，科学是在范式中运作的。这些模型被认为是对我们周围所见现象的最好解释。然而，对于克罗恩病并没有真正的范式。我还记得20世纪60年代牵强的“心身”概念，在20世纪后半叶被食物过敏取代。但这些范式已经不再受欢迎，取而代之的是缺乏对我们所处理的克罗恩病的疾病类型的明确认识。遗传因素可能只对易感性有影响，而不是因果关系。

但是在对病人的治疗中，临床医生需要一个范式，在此基础上解释和理解，治疗和研究。我们所拥有的最接近克罗恩病病因的范式是，它是“炎症性的”，因此符合对抗疗法的原则contraria contrariis curantur我们提供消炎药。疾病的临床表现是炎症过程的直接结果，但这本身是一种保护机制吗?认为它只会造成损害的假设导致了“自身免疫”的范式，而这一概念本身就缺乏“证据”，事实上，在假定的自身免疫疾病中，证据的标准从未被定义过。

克罗恩病的微生物病因的范例必须基于两个因素。首先是疾病与一种假定的微生物之间的统计关联，但这方面的困难在于缺乏可靠的鉴定检测方法。第二是合理性。有趣的是，许多年来，急性肝炎一直被认为是一种病毒性疾病，实际上在病毒被查明之前很久就被称为"病毒性肝炎"。尽管微生物科学到目前为止还没有发展到可以识别病毒本身，但其合理性是显而易见的。关于克罗恩病，我们需要继续思考这种疾病可能是由微生物引起的是否合理，即使没有确定的微生物。范式的发展和特定微生物的鉴定是不同的科学过程。

可信性建立在现有的知识和模型之上，主要基于流行病学和病理学，这是西方临床医学的主要基础。那么我们如何看待克罗恩病的病理呢?首先，很明显，克罗恩病不是一种单一类型的疾病，而是多种不同类型的肠道炎症性疾病。克罗恩病的标志首先是胃肠道的斑片状炎症，包括口腔周围和肛门周围的皮肤区域。肉芽肿是另一个标志，裂隙是第三个标志。我们可以这样继续，但是我们添加的标准越多，就越会显示出这种疾病是一个异质性群体。换句话说，我们无法定义克罗恩病，我们不知道它是什么，所以因果关系的概念是建立在一个非常脆弱的基础上的。

然而，我们可以取得进展，特别是如果我们观察“经典”型克罗恩病，涉及右侧结肠、盲肠和末端回肠，并伴有裂裂和肉芽肿疾病。这种类型的疾病看起来非常像肺结核，以至于如果它出现在亚洲患者身上，通常被称为肺结核，而如果它出现在非亚洲患者身上，通常被称为克罗恩病。如果与肺结核的相似之处如此之大，那么因果关系很可能非常相似。另一个重要的特征是对跨越遗传边界的家庭聚集的流行病学观察，丈夫/妻子的联系很可能是一种传播媒介。最后，在动物中有与约翰氏病的相似之处，这继续提示克罗恩氏病在人类中也有相似之处。在对抗菌化合物的反应方面，我们是否认为，一些研究表明有益，比那些表明无益的研究更重要，更不重要，或同样重要?这取决于微生物学范式对个体的吸引力——有些人急于找到克罗恩病的病因，而另一些人则看不到这一范式的实际好处，并乐于保持除了“炎症性肠病”之外没有其他范式的现状。对一种或多种给定抗生素的反应不能作为微生物因果关系的证明标准，但可以帮助加强范例。

关于克罗恩氏病，我们需要做的是考虑哪一种假设是最合理的，然后继续对其进行检验，在这种情况下，我们需要通过微生物科学的努力，这一点的重要性是Quirke教授强调的。就像科学中的其他范式一样，它必须不断地接受审视，我们必须随时准备重新考虑我们对因果关系的看法。尽管我们可能总是错的，事实上我们经常是错的，但完全的怀疑否认了科学进步的机会。研究必须建立在假设和范式的基础上。