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炎症性肠病
减少粪便微生物群的多样性在克罗恩病了一个宏基因组的方法
  1. C Manichanh1,
  2. L Rigottier-Gois1,
  3. E Bonnaud1,
  4. K Gloux1,
  5. E佩尔蒂埃2,
  6. L Frangeul3,
  7. R纳4,
  8. C Jarrin4,
  9. P Chardon5,
  10. P主6,
  11. J罗卡7,
  12. J多尔1
  1. 1团结d 'Ecologie et de Physiologie du和餐后酒,法国INRA案例
  2. 2埃夫Genoscope,中心国家de Sequencage cedex,法国
  3. 3Genopole,巴斯德研究所,巴黎,法国
  4. 4LibraGen,蝙蝠运河生物技术,法国图卢兹
  5. 5UMR INRA东航radiobiologie et练习曲du基因组,INRA Domaine de Vilvert,案例Cedex法国
  6. 6胃肠病学部门、欧洲医院蓬皮杜,巴黎,法国
  7. 7分子生物学、IBMB-CSIC,西班牙巴塞罗那
  1. 通信:
    J博士多尔
    法国INRA-UEPSD 78350案例;joel.dore在{}jouy.inra.fr

文摘

背景和目的:肠道微生物群落的作用(微生物群)的发作和慢性克罗恩病(CD)是强烈怀疑。然而,调查这样一个复杂的生态系统是困难的,即使文化独立分子的方法。

方法:我们使用,第一次,一个全面的宏基因组方法对全系列的肠道微生物多样性进行调查。我们使用fosmid向量构造两个库的基因组DNA分离直接从粪便样品6个健康的捐赠者和6个患者CD。细菌多样性分析筛选两个DNA库,每个由25 000克隆,为16 s rRNA基因DNA杂交。

结果:在1190年选择克隆,我们确定125冗余ribotypes主要类群所代表的拟杆菌门和壁厚菌门。厚壁菌门,43个不同ribotypes被确定在健康的微生物群,相比之下,只有13在CD (p < 0.025)。荧光原位杂交在粪便样本中直接针对16 s rRNA单独分析(n = 12)证实了显著减少细菌的比例属于这门在CD患者(p < 0.02)。

结论:宏基因组方法允许我们检测的复杂性降低细菌门壁厚菌门的签名在CD患者粪便微生物群。它还表示新的细菌物种的存在。

  • CD,克罗恩病
  • 炎症性肠病、炎症性肠病
  • 鱼,荧光原位杂交
  • OTU,操作分类单位
  • 奥软、健康主题库
  • CPL,克罗恩病病人图书馆
  • PCR,聚合酶链反应
  • SSC,盐水柠檬酸钠
  • SDS、钠十二烷基硫酸盐
  • 克罗恩氏病
  • metagenome
  • 粪便微生物群
  • 种系发生
  • 厚壁菌门

http://dx.doi.org/10.1136/gut.2005.073817

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    脚注

    • 2005年9月27日在线发表第一

    • 利益冲突:没有宣布。

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