背景及目的大多数胃肠道间质瘤(胃肠道间质瘤)都有工具包突变;然而，可能增强胃肠道间质瘤侵袭性的表观遗传异常在很大程度上尚不清楚。我们的目的是建立与胃肠道间质瘤恶性转化相关的表观遗传学特征。

方法四种肿瘤抑制基因的甲基化，RASSF1A、p16、CDH1、MGMT在gist中进行分析。此外，在一个训练集(n=40)中，使用甲基化GpG岛扩增微阵列(MCAM)比较了小型、恶性倾向的gist和恶性gist之间的全基因组DNA甲基化谱。MCAM鉴定的基因甲基化状态与疾病临床特征之间的关系在验证集中进行了测试(n=75)。

结果甲基化的RASSF1A基因由小到恶性的胃肠道间质瘤逐渐增加。p16在有恶性倾向的和恶性的胃肠道间质瘤中特异性甲基化。MCAM分析显示，晚期甲基化的基因比小型gist中更多(平均为473个基因vs 360个基因)。P= 0.012)。有趣的是，恶性胃肠道间质瘤的甲基化分布明显受其位置的影响。两个基因,REC8而且PAX3MCAM分析新发现，在训练组和验证组中，小的和恶性的胃肠道间质瘤中甲基化存在差异。至少甲基化的病人REC8，PAX3,或p16预后明显较差(P= 0.034)。

结论我们的结果表明，在表观遗传学方面，GIST不是一种统一的疾病，一组基因中的DNA甲基化与侵袭性临床行为和不良预后相关。鉴定出的基因可能潜在地作为生物标志物，用于预测侵袭性gist和低生存率。