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结肠
原始研究
瀑样早发性直肠癌揭示不同文化和罕见的遗传资料
  1. 海伦H N严1,
  2. 海宝利Siu1,
  3. Siu Lun何1,
  4. 莎拉年代K曰1,
  5. 杨高1,
  6. 围阴徐1,
  7. 黛陈1,
  8. 4月年代陈1,
  9. 杰森W H黄2,3,
  10. 爱丽丝H Y的男人1,
  11. 伯纳德·C H李1,
  12. 安妮S Y陈1,
  13. 安东尼·K W陈1,
  14. 何唱回族1,
  15. 阿瑟·K L张3,4,
  16. 围Lun法律5,
  17. Oswens S H瞧5,
  18. Siu Tsan袁1,6,
  19. 汉斯聪明7,8,
  20. 牛脂易梁1,3,4
  1. 1病理学系,香港大学玛丽医院,Pokfulam、香港
  2. 2生物医学科学学院,香港大学,Pokfulam、香港
  3. 3PanorOmic科学中心,香港大学,Pokfulam、香港
  4. 4赛马会临床中心的创新和发现,路医学院,香港大学,Pokfulam、香港
  5. 5外科学系,香港大学玛丽医院,Pokfulam、香港
  6. 6病理学系,圣保罗医院,第二,东方医院的路,铜锣湾、香港
  7. 7Hubrecht发育生物学研究所和干细胞研究,乌得勒支大学医学中心,乌特勒支、荷兰
  8. 8公主Maxima儿科肿瘤学中心,3584 CT,乌特勒支、荷兰
  1. 对应到板油易建联梁博士,香港大学病理学系Pokfulam,香港;suetyi在{}hku.hk;海伦H N Yan博士;yanhelen在{}hku.hk

文摘

客观的零星的早发性结直肠癌(EOCRC)糟糕的预后,但不代表细胞系模型。我们检查关键突变和转录组改变EOCRCs瀑样生物丰富。

设计我们建立了成对的癌症(32例)和正常瀑样(n = 18)从20例丰富microsatellite-stable EOCRC。外显子组和转录组分析。

结果我们观察到一个惊人的分子表型的多样性,包括PTPRK-RSPO3融合。转录,棕榈油融合瀑样与正常结肠瀑样截然不同APC突变瀑样,高BMP2和低PTK7表达式。单细胞转录组分析证实了相似性棕榈油融合瀑样和正常瀑样,倾向成熟Wnt撤军,而APC突变瀑样被关在祖的阶段。CRISPR / Cas9工程突变APC在正常的人类结肠瀑样导致upregulation PTK7蛋白质和镇压BMP2与工程,几乎不太可能RNF43突变。经常同现棕榈油融合与SMAD4或BMPR1A突变被确认,TCGA数据库中搜索。RNF43突变被发现在瀑样白血病幸存者小说突变签名;和瀑样杆校对突变ultramutation显示。癌症瀑样基因组稳定长文化时期,而正常的人类结肠瀑样倾向于接受克隆优势随着时间的推移。

结论这些瀑样模型在EOCRCs丰富有关基因组数据填补现有的CRC的差距模型,揭示不同的基因图谱和新颖的途径协调。

  • 结肠直肠癌
  • 大肠癌基因
  • 结肠致癌作用
  • 基因表达
  • 早发性结肠癌
  • 瀑样模型
  • R-spondin融合
  • RNF43
  • 锯齿状的瘤

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl - 2019 - 320019

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    脚注

    • 贡献者HHNY西尔维,HC构思。HHNY和西尔维定向研究。HHNY西尔维,HC和猪圈促成了项目的设计。高碳钢,YG JWHW进行生物信息学数据分析。HHNY、SLH SSKY, WYT特区ASC, AHYM, BCHL, ASYC, AKWC, HSH, AKLC,猪圈和西尔维收集数据,进行实验和/或分析数据。OSHL和将临床资料、样品和批判性评论手稿。HC贡献协议和/或试剂和批判性评论手稿。西尔维HHNY分析和解释数据,写的手稿与援助,评论和所有作者的最终批准。

    • 资金这工作主要由卫生和医学研究基金会从食物及卫生局,香港特别行政区政府(项目号02132886)(瀑样建立和外显子组测序分析)和部分由一个教案研究资助的研究资助委员会香港特别行政区,中国(项目号T12-710/16 R);香港赛马会慈善信托的捐赠(单细胞转录组分析);裘槎基金会捐赠教授西尔维,嘉道理慈善基金会。

    • 相互竞争的利益西尔维和猪圈收到研究从辉瑞公司赞助,默克公司Servier Curegenix。HC是一个发明家在癌症和几个Wnt活动相关的专利未决专利越来越多患者结直肠癌的瀑样。他是一个创始人,Surrozen成员公司在硅谷创业;SAB成员Kallyope(纽约),长节(乌特勒支)和分贝(波士顿);罗氏公司的非执行董事(巴塞尔)和罗氏的SAB成员子公司Genentech(旧金山)自2019年以来;生命科学的科学顾问和投资者合作伙伴,一个生物技术风险投资公司位于阿姆斯特丹。

    • 病人同意出版不是必需的。

    • 伦理批准大学的机构审查委员会香港/香港医院管理局西方集群。

    • 出处和同行评议不是委托;外部同行评议。

    • 数据可用性声明数据在公共、开放访问存储库。全基因组外显子组和RNA序列数据存入欧洲Genome-Phenome档案加入EGAS00001004063数量(https://www.ebi.ac.uk/ega/studies/EGAS00001004063)。应用程序数据访问委员会作为数据访问的标准程序在EGA包含人类基因数据是必要的,使用的数据由善意研究人员用于医学研究。正常化单细胞RNA序列数据存入与加入地理GEO142116数量(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE142116)。