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上消化道癌症
原始研究
集成的基因组分析和建模为晚期患者的危险分层oesophagogastric腺癌
  1. 大鹏郝1,
  2. 思远他2,
  3. Kazuto原田3,
  4. 梅丽莎池Pizzi4,
  5. 吕杨5,
  6. Pujun关1,
  7. 陈路1,
  8. Ruiping王1,
  9. Shaojun张1,
  10. Matheus Sewastjanow-Silva4,
  11. 艾哈迈德Abdelhakeem4,
  12. Namita Shanbhag4,
  13. Manoop同事6,
  14. Guangchun汉1,
  15. 杰弗里·H·李6,
  16. Shuangtao赵1,
  17. 布莱恩·韦斯顿6,
  18. 马列拉布卢姆墨菲4,
  19. 丽贝卡水域7,
  20. Jeannelyn Santiano Estrella7,
  21. Sinchita Roy-Chowdhuri7,
  22. 琼甘7,
  23. Ju-Seog李8,
  24. 光彭9,
  25. 萨米尔M Hanash10,
  26. 乔治•艾德里安Calin10,
  27. 摘要歌11,
  28. Jianhua张11,
  29. 捧的歌4,
  30. 全部王1,
  31. 于jaf一Ajani4
  1. 1基因组医学部门,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  2. 2部门的遗传学,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  3. 3胃肠病手术,熊本大学,熊本,熊本,日本
  4. 4胃肠道肿瘤内科,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  5. 5核医学部门,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  6. 6胃肠病学肝脏病学和营养,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  7. 7病理学,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  8. 8系统生物学,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  9. 9临床癌症预防,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  10. 10转化的分子病理学,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  11. 11计算基因组学,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德州美国
  1. 对应到博士于jaf Ajani,胃肠道肿瘤内科、德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,TX 77030年,美国;jajani在}{mdanderson.org;王博士全部基因组医学系,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,TX 77030年,美国;LWang22在}{mdanderson.org

文摘

客观的先进的oesophagogastric腺癌患者预后(mEGAC)是贫穷和分子整体幸存者缺乏更短或更长时间的决定因素。我们的目标是识别分子特性和开发预测模型通过分析mEGAC患者的基因组特性不同的结果。

设计我们异形40治疗mEGACs(20短幸存者20长的幸存者> < 13个月和36个月)与whole-exome测序(韦斯)和RNA序列进行综合分析,外显子组,转录组、免疫档案和病理表型识别分子的决定因素,开发一个集成预测模型和与癌症基因组图谱,TCGA军团。

结果KMT2C改变只观察到的在较短的幸存者一起高水平的intratumour异质性和复杂的无性繁殖体系结构,而APOBEC突变签名明显丰富了幸存者。值得注意的是,染色体4中的杂合性丢失(Chr4)与短生存和“冷”的免疫表型的特点是减少B, CD8、自然杀伤细胞、移行细胞反应。无人监督的转录组聚类显示更短的幸存者亚型有明显表达特性(例如,调节制药的目标JAK2, MAP3K13和MECOM)。一个集成模型然后建立基于临床变量和识别分子决定因素,大大隔离更短和更长的幸存者。上述所有功能和集成模型验证在多个独立TCGA军团。

结论本研究发现新颖的分子特性未来患者的总体生存mEGAC和识别潜在新靶点较短的幸存者。

  • 食道癌
  • 胃腺癌

数据可用性声明

数据可能会从第三方获得,不公开。所有数据都包含在相关研究文章或作为补充信息上传。本研究期间所有测序数据生成已经存入欧洲Genome-phenome存档(EGA)。下的数据可以发现加入EGAS00001004887数量。

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl - 2020 - 322707

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    脚注

    • 推特@A_Adel90

    • 贡献者LW和JAA构想,共同监督。DH的主要生物信息学和生物统计学分析进行多平台数据,生成的数据和表的手稿。PG, SH R, S, GH和S赵协助韦斯和RNA-seq分析。生理和XS导致原始韦斯数据处理。KH、议员、YL PG, LC, MS, AA, NS, MB,杰,BW,毫米,R水域,我,老,路上,杰,GP, SH, GC和SS同意协助临床样本,收集和病理评估和其他相关分析和实验。KH、MP, NS和SS负责DNA / RNA提取与核心设施协调韦斯和RNA-seq聚集所有患者的临床信息。DH, SS, LW JAA写的手稿。LW, JAA和SS修订后的手稿。

    • 资金这项研究受到了从Caporella慷慨资助,海兰德,苏丹,史密斯,迈尔斯,凯文,和公园的家庭,以及愚蠢的强大胃癌基金,V基金会,约翰·阿姆斯特朗基金,高尔夫球手对癌症,宙斯免疫学研究基金会,匿名捐赠者,和两个德克萨斯大学MD安德森癌症中心(美国得克萨斯州休斯敦的)多学科资助项目。这项研究也支持创业研究基金的一部分提供给LW UT。MD安德森癌症中心(MDACC),国家癌症研究所资助(CA129906, CA127672、CA138671 CA172741 (R01) CA241600-01 (R01))和国防部授予(CA150334和CA160445 (JAA);CA160433和CA170906 (SS)),并得到了日本社会科学促进海外研究奖学金授予日本社会科学促进海外研究奖学金(KH)。

    • 相互竞争的利益没有宣布。

    • 出处和同行评议不是委托;外部同行评议。

    • 补充材料此内容已由作者(年代)。尚未审查由BMJ出版集团有限公司(BMJ)和可能没有被同行评议。任何意见或建议讨论仅代表作者(年代)和不了BMJ的支持。和责任起源于BMJ概不负责任何依赖的内容。内容包括任何翻译材料,BMJ并不保证翻译的准确性和可靠性(包括但不限于当地法规、临床指南,术语,药物名称和药物剂量),和不负责任何错误或遗漏引起的翻译和改编或否则。