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原始研究
相互作用的细菌metagenome virome在肝硬化患者和肝性脑病
  1. Jasmohan年代巴贾杰1,
  2. Masoumeh Sikaroodi2,
  3. Amirhossein Shamsaddini2,
  4. 撒迦利亚hensel3,
  5. 塔莎Santiago-Rodriguez3,
  6. Chathur Acharya1,
  7. 安德鲁·费根1,
  8. 菲利普·B Hylemon1,
  9. 迈克尔·福克斯1,
  10. 伊迪丝疫苗和免疫全球联盟1,
  11. 汤娅病房3,
  12. 丹骑士3,4,5,
  13. 帕特里克·M Gillevet2
  1. 1胃肠病学、肝病和营养,弗吉尼亚联邦大学和弗吉尼亚中部退伍军人医疗保健系统,里士满,维吉尼亚州美国
  2. 2微生物分析中心,乔治梅森大学,马纳萨斯,维吉尼亚州美国
  3. 3Diversigen,新布赖顿,明尼苏达州美国
  4. 4计算机科学与工程系,U,明尼苏达大学,明尼阿波里斯市,美国
  5. 5明尼苏达州生物技术研究所,明尼苏达大学,明尼阿波里斯市,美国
  1. 对应到博士Jasmohan Bajaj,胃肠病学、肝病和营养,弗吉尼亚联邦大学卫生系统,里士满,弗吉尼亚州,美国;jasmohan在}{gmail.com

文摘

客观的改变细菌的组成与肝硬化疾病进展,但有关virome的角色,尤其是噬菌体,尚不清楚。

设计横断面和前/后rifaximin军团了。横向:控制和肝硬化门诊(补偿,乳果糖(Cirr-L),在rifaximin (Cirr-LR))是包括和随访90天的住院治疗上。前/后:补偿侦测接受粪便收集rifaximin前/后8周。凳子宏基因组的细菌和噬菌体及其相关网络分析控制和肝硬化,在侦测,住院/没有和前/后rifaximin。

结果横向:40控制和163侦测(63补偿,43 Cirr-L, 57 Cirr-LR)登记。Cirr-L / LR组类似的终末期肝病模型(MELD)评分但Cirr-L发达大住院治疗上与Cirr-LR(56%比30%,p = 0.008)。细菌α/β多样性从控制到Cirr-LR恶化。虽然噬菌体α多样性相似,β多样性不同团体之间。原地细菌与消极,pathobionts积极联系与融合,但只有适度phage-MELD相关性。Phage-bacterial相关网络复杂性控制,最高最低在Cirr-LR Cirr-L和增加。MicroviridaeFaecalibacterium噬菌体在Cirr-LR与原地细菌,但不是大pathobionts Cirr-L住院患者,低共生的细菌和噬菌体关注链球菌,Lactococcus和Myoviridae。前/后:不改变α/β噬菌体或细菌的多样性被认为postrifaximin。集中在urease-producing Phage-bacterial联系链球菌物种postrifaximin倒塌。

结论与细菌不同的是,粪便噬菌体与肝硬化稀疏特征和90天的结果。噬菌体和细菌联系集中在urease-producing ammonia-generating链球菌物种影响疾病进展和rifaximin治疗和改变的患者经历了90天的住院治疗上。

  • 肝硬化
  • 肠道微生物
  • 肝性脑病

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脚注

  • 发表于部分的手稿将2020年作为ILC的口头报告,目前虚拟。

  • 调整通知本文已经被修正,因为它第一次在网上发布。作者姓名在塔莎Santiago-Rodriguez纠正。

  • 贡献者JSB概念化,参与每一步。女士参与了样品处理和分析,房颤,CA, MF,比如参与招聘和学习行为。PBH参与重要的修订。ZH型、TW DK TS-R参与了宏基因组和生物信息学。体,也参与了生物信息学分析。

  • 资金部分由弗吉尼亚州绩效审查I0CX00176 NCATS R21TR002024 R21TR003095, AHRQ RO1HS025412和研究者发起的格兰特博士伦健康。

  • 相互竞争的利益DK,呃,TSR和TW Diversigen的雇员,metagnomic virome分析。

  • 病人和公众参与病人和/或公众没有参与设计,或行为,或报告,或传播本研究计划。

  • 出处和同行评议不是委托;外部同行评议。