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  • RNA结合蛋白DDX5指导簇细胞规范和功能调节肠道微生物曲目和疾病易感性

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肠道炎症
RNA结合蛋白DDX5指导簇细胞规范和功能调节肠道微生物曲目和疾病易感性
  1. Tianyun长1,
  2. Nazia Abbasi1,
  3. 胡安·E·埃尔南德斯1,
  4. 宇新李1,
  5. 易卜拉欣米赛义德2,
  6. {马1,
  7. Attilio Iemolo3,
  8. 布莱恩一个仪1,
  9. 基因W唷1,
  10. 弗朗西斯卡Telese3,
  11. Pradipta Ghosh1,3,
  12. Soumita Das2,
  13. 温蒂贾黄人1
  1. 1细胞和分子医学的部门,加州大学圣地亚哥,拉霍亚,加州美国
  2. 2病理学系,加州大学圣地亚哥,拉霍亚,加州美国
  3. 3医学系的,加州大学圣地亚哥分校,拉霍亚,加州美国
  1. 对应到温迪博士贾黄,细胞和分子医学部门,加州大学圣地亚哥分校92093年加州拉荷亚美国;wjh003在}{ucsd.edu

文摘

客观的簇细胞居住在肠道上皮细胞有不同的功能。在小肠,他们提供预防炎症,打击寄生虫和原生生物感染,并作为肠道病毒的入口门户。在结肠,他们被卷入tumourigenesis。承诺的肠道祖细胞簇细胞谱系需要ρGTPase细胞分裂周期42 (CDC42),一个ρGTPase,下游的表皮生长因子受体和wingless-related集成站点信号级联,和大师普转录因子2同源框3类(POU2F3)。本研究调查这个途径是如何受死者盒含有RNA结合蛋白DDX5体内。

设计我们评估DDX5的角色在细胞簇规范和功能控制和上皮特异性Ddx5基因敲除小鼠(DDX5ΔIEC通过转录组的方法。

结果DDX5ΔIEC老鼠怀有肠道细胞簇人群,改良微生物曲目,改变药物敏感性回肠和结肠tumourigenesis炎症。通过转录后的机械化,DDX5促进CDC42蛋白合成机制来规范许可簇细胞。重要的是,DDX5-CDC42轴平行但不同于已知的interleukin-13电路涉及簇细胞增生,和两个途径增强Pou2f3分泌世系祖细胞中表达。在成熟的细胞簇,DDX5不仅促进整合素信号和微生物反应,也压制基因项目参与膜运输和脂质代谢。

结论RNA结合蛋白DDX5指导簇细胞规范和功能调节肠道微生物曲目和疾病易感性。

  • 小肠
  • 结肠致癌作用
  • 肠道炎症
  • 上皮分化

数据可用性声明

数据在公共、开放访问存储库。合理的请求数据。所有数据都包含在相关研究文章或上传在线补充信息。作者确认数据支持本研究的发现可用的文章(和/或)在线补充材料。eCLIPseq数据集都可以在讨论地理(GSE124023系列)。所有的代码和命令用于处理eCLIP数据可用,可以在这里找到:https://github.com/yeolab/eclip。RNAseq数据集都可以在讨论地理(GSE123881系列)。摘要空间转录组测序数据报告可以在地理(GSE184564)。摘要肿瘤转录组测序数据报告可以在地理(GSE146014)。

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl - 2021 - 324984

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    脚注

    • 贡献者TL和NA鼠标设计和执行研究。TL和IMS小肠和结肠瀑样进行化验。YL RNAseq数据集上的生物信息学分析。JEH的地下室和杯状细胞分析。湾eCLIPseq分析完成。GWY导演eCLIPseq研究和编辑的手稿。PG和SD导演瀑样研究和编辑的手稿。SM发起空间转录组研究和TL在AI的帮助下完成了研究。英国《金融时报》提供的资源空间转录组和瀑样成像研究。从WJMH TL写的手稿与输入,NA和JEH。 WJMH is the guarantor.

    • 资金TL, NA,我们,我和WJMH部分由爱德华·Mallinckrodt Jr .)基金会和美国国立卫生研究院(R01-GM124494 WJMH)。PG和SD是由美国国立卫生研究院(NIH) (R01-AI141630 PG, DK107585 SD和UG3TR003355 UG3TR002968 R01-AI55696 PG和SD)。PG和SD也支持的利昂娜·m·哈里b·赫尔姆斯利慈善基金。G.W.Y.部分由国家卫生研究院的基金支持HG004659 HG009889。RNAseq IGM基因组学中心进行,加州大学圣迭戈。我们感谢加州大学圣地亚哥分校电子显微镜核心,人形核心,穆尔斯癌症中心和组织学核心支持的国家癌症研究所(CCSG P30-CA23100)。

    • 相互竞争的利益G.W.Y.联合创始人、董事会的一员,科学顾问、股票持有人和支付顾问Locanabio和Eclipse世界先导。G.W.Y.是新加坡国立大学的客座教授。G.W.Y.的利益已经评审并批准加州大学圣地亚哥分校的符合其利益冲突政策。作者声明没有任何利益冲突。

    • 出处和同行评议不是委托;外部同行评议。

    • 补充材料此内容已由作者(年代)。尚未审查由BMJ出版集团有限公司(BMJ)和可能没有被同行评议。任何意见或建议讨论仅代表作者(年代)和不了BMJ的支持。和责任起源于BMJ概不负责任何依赖的内容。内容包括任何翻译材料,BMJ并不保证翻译的准确性和可靠性(包括但不限于当地法规、临床指南,术语,药物名称和药物剂量),和不负责任何错误或遗漏引起的翻译和改编或否则。