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客观的修订的指导方针对剖腹产(CS)建议产妇抗生素管理皮肤切口,而不是之前脐带夹紧后,无意中暴露了抗生素产前婴儿。我们旨在调查如果时机产时抗生素有助于微生物群殖民化的障碍CS出生的婴儿。
设计随机对照试验中,女性通过CS交付之前收到了抗生素后皮肤切口(n = 20)或脐带夹紧(n = 20)。第三组,阴道分娩提供女性(n = 23)是包括在内。从所有婴儿粪便微生物群决心,7和出生后28天,3年16 s rRNA基因测序和whole-metagenome鸟枪测序。
结果与阴道分娩婴儿出生,深刻的差异被发现在微生物多样性和组成在c组第一个月的生活。属于属的物种丰度降低拟杆菌和双歧杆菌属被发现与并发增加成员属于门变形菌门。这些差异不能观察到3岁。没有统计上显著的差异观察微生物的分类和功能组成两个CS组之间在任何的时间点。
结论我们证实了微生物定殖强烈影响CS交付。之前我们的研究表明,产妇抗生素管理CS不会导致第二个打击破坏微生物。未来,更大规模的研究应该确认产前暴露于抗生素CS出生的婴儿不加重殖民障碍和长期的健康影响。
- 抗生素
- 肠道微生物
- 婴儿肠道
- 儿科胃肠病学
数据可用性声明
合理的请求数据。在线发表的研究协议(doi: 10.1186 / s13063 - 019 - 3552 - 8)。生成的原始序列数据集和鉴定参与者数据可以在合理的请求从相应的作者道明。
这是一个开放的分布式条依照创作共用署名非商业性(4.0 CC通过数控)许可证,允许别人分发,混音,适应,建立这个工作非商业化,和许可他们的衍生产品在不同的协议,提供了最初的工作是正确地引用,给出合适的信用,任何更改表示,非商业使用。看到的:http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/。
来自Altmetric.com的统计
已知在这个问题上是什么?
微生物定殖对先天免疫系统的发展至关重要。生命早期肠道微生物获取和开发可以被外部扰动如交付通过剖腹产(CS)和抗生素。
有什么新发现吗?
目前的研究证实,CS交付强烈影响微生物群发展的第一个月的生活。我们证明产前暴露于孕产妇管理预防性抗生素之前皮肤切口,根据当前的修订的指导方针,似乎并没有进一步加剧破坏微生物发展CS出生婴儿。认为CS交付本身,而不是产前抗生素暴露,似乎负面影响微生物群的发展,因此婴儿健康。
它会如何影响临床实践在可预见的未来吗?
鉴于CS利率持续的全球增长,需要更大的前瞻性研究来评估观察与计算机科学相关的干扰的殖民化和健康结果之间的关系。未来的研究需要确认有利影响母亲的修订的指导方针不影响长期健康的婴儿。
介绍
生命早期微生物获取和开发可以被外部扰动如交付通过剖腹产(CS)、配方喂养和抗生素。1严重影响抗生素的微生物群的范围从自限性腹泻早产新生儿的风险增加危及生命的条件。2 3这种扰动的长期后果的human-microbial共生更难以辨别,但炎症性肠病等慢性病,肥胖、哮喘、过敏和1型糖尿病与童年有关抗生素使用和改变肠道微生物群。4 - 6
在过去的几年里,国际产科指南已经修正,以减少孕产妇和新生儿感染的发病率。7 8因为这些调整的指导方针的实现导致增加产前使用抗生素,7 8担忧在幼年时期暴露在广谱抗生素和相关的普及对肠道微生物的影响日后的发展和各种障碍正在增长。9此外,抗生素暴晒会增加新生儿患者的多药耐药细菌感染的风险。10最近的流行病学和机械的数据之间的联系早期使用抗生素,生态失调和疾病支持这些担忧。11修订后的协议之一导致增加暴露在抗生素全球国家健康和保健研究所(NICE)(2011)指南CS。7在这个修订的指导方针,建议管理孕产妇之前皮肤切口预防性使用抗生素,而不是夹紧后脐带。这一政策已经被证明可以减少产妇感染发病率的风险,尤其是子宫内膜炎和伤口感染。12因此,然而,目前所有婴儿CS暴露于通过脐带广谱抗生素,当坚持这个修订的指导方针。虽然没有观察新生儿脓毒症的发病率增加,12影响肠道微生物群的殖民统治和长期的健康影响在很大程度上仍未知。我们提出,儿童暴露于抗生素由CS,修订相关国际准则,影响微生物的殖民化过程和可能影响健康结果。在这个随机对照试验(RCT),我们评估这种影响通过比较CS出生婴儿的微生物组成和没有子宫内抗生素接触,根据修订后的和之前的协议,分别3年。
方法
研究设计
一个随机对照试验进行产科和儿科的阿姆斯特丹联电,位置VUmc三级转诊中心。参与者招募了2015年3月至2017年11月。本研究的研究方案(NTR6000)13是经伦理委员会批准VUmc (2014.468)。书面知情同意从所有的父母都参与了。如果父母拒绝参与,母亲收到产时抗生素预防(IAP)脐带夹紧后根据当地医院的指导方针。审判是在荷兰注册临床试验注册中心(试验注册号码:NTR6000,https://wwwtrialregisternl/trial/5845)。在线发表的研究协议(doi: 10.1186 / s13063 - 019 - 3552 - 8)。13
病人和公众参与
病人和公众并没有参与这项研究的问题和研究设计。父母的所有相关参与者联系评估结果措施和参与改善未来试验的负担。
研究人群
孕妇来访的美国妇产科门诊在晚期妊娠的简单和安排主要CS都有资格参加。简单的怀孕被定义为一个血压正常的单例妊娠,胎儿体重正常,妊娠年龄≥37周交付。概述所有孕产妇和新生儿的排除标准中列出箱1。包括妇女被随机分配到治疗根据当前或之前的不错的指导方针在CS预防性抗生素的时间管理。女性根据当前不错的指导方针7收到1500毫克头孢呋辛CS (A组)前30分钟。这些女性对待分配按照之前不错的指导方针,14头孢呋辛脐带夹紧后收到1500毫克(B组)。随机是通过完成的www.randomizer.org在交换的10块。第三个控制组的女性参观门诊阴道分娩是包括同时在研究期间,为了比较CS和阴道分娩出生婴儿(C组)。同样的合格标准是保留这一组的两个CS组。随着时间的推移,女性提供的包含率阴道是适应主CS夹杂物以促进夹杂物在同一季节。
孕产妇和新生儿排除标准
母亲的排除标准
交付< 37周妊娠。
年龄≤17年。
妊娠高血压疾病。
多个怀孕。
身体质量指数(BMI)≥25。*
怀孕期间使用抗生素。
抗生素的使用在产后第一个月。
免疫抑制使用前3个月内交货。
炎症性肠病。
腹腔疾病。
前胎膜破裂剖腹产(A和B组)。
延长胎膜破裂> 18小时(C组)。
糖尿病类型I / II。
妊娠期糖尿病需要胰岛素。
主要的肠道手术的历史。
酒精或烟草使用在第二和第三阶段。
怀孕期间用药。
新生儿排除标准
小或大胎龄。
先天性肠道畸形。
胃肠手术在第一个月的生活。
抗生素或免疫抑制药物的使用在第一个月的生活。
基础垫层
这不是安慰剂对照研究,因为两组接受抗生素;只有抗生素的时机不同组A和b之间的妇科医生使用抗生素在CS并不是盲目的。然而,研究人员分析执行统计数据的样本和失明。
样本大小的计算
由于有限的文献上可用抗生素在CS对婴儿的影响微生物群殖民,15一个正式的权力分析不能进行这项研究。我们计划20夹杂物/部门调查,使检测的差异随着时间的推移,符合Nogacka的审判等。16
样本和数据收集
粪便样本集合
第一个收集的粪便样本(鸦片)是在无菌容器(Stuhlgefaß10毫升,Frickenhausen,德国)护士或助产士,并立即存放在−20°C。当出院,在家父母被要求收集粪便样本容器提供的婴儿在7和出生后28天。这些样本存储在普通冰箱的家中,随后运送到医院在冷却条件下常规产后检查当天发货后4 - 6周。在抵达医院,样本收集的调查员和储存在−20°C,直到进一步的处理。3岁,父母在家第四个粪便样本收集和存储在一个常规的冰箱。收集后,粪便样本运输冷冻条件去医院。在抵达医院,样本存储在−20°C,直到进一步的处理。
脐带血收集
确定新生儿在多大程度上受到头孢呋辛妈妈管理,脐带血收集的A组夹紧后直接从婴儿脐带和胎盘交付。收集血液样本的EDTA管和直接运到实验室。样本离心机和血浆储存在−80°C到头孢呋辛测定的浓度。
样品处理
DNA提取
第1、7天粪便的DNA样本和28提取使用NucliSENS easyMag (bioMerieux、马西l 'Etoile、法国)。NucliSENS裂解缓冲(1毫升),含硫氰酸胍,添加到瓶包含150µg粪便。瓶动摇在1400 rpm(全能料理机安慰,埃普多夫,德国汉堡)的5分钟,因此离心机4分钟12 000克。瓶被添加到easyMag容器和DNA提取easyMag机器上执行特定的协议所描述的制造商。使用110µL洗脱的DNA进行缓冲。提取的DNA被储存在4°C到进一步处理。
由于合并的实验室和改变协议,后续样品收集3岁的分析在不同的实验室与新生儿样品相比,由于物流的原因。DNA提取使用QIAamp PowerFecal DNA工具包(试剂盒、希尔登,德国)。提取的DNA进行微调的制造商的协议:破坏样品,TissueLyser II(试剂盒、希尔登,德国)是用于2分钟30 Hz。增加DNA浓度,50µL缓冲溶液代替100年µL洗脱。提取DNA是正常5 ng /µL和储存在4°C到用于PCR扩增。
16 s rRNA基因测序
所有粪便样品进行分析使用16 s rRNA基因测序特征分类构成。V3-V4细菌16 s rRNA基因的变异度高的区域被放大从粪便中提取出的DNA样本期间收集的第一个月的生活使用通用引物s - d - bact - 0341 - b - s - 17和s - d - bact - 0785 a - 21。18测序进行一个Illumina公司MiSeq仪器(Illumina公司,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)使用2×300 bp paired-end测序协议由LifeSequencing S.L.(瓦伦西亚,西班牙)。阅读对去复用和修剪(q > 20)之前使用QIIME合并。19合并与q > 25读15基地的一个窗口,没有模棱两可的基地和300人保留的最小长度。这些都是使用mothur dereplicated和计算20.读取和低丰度(不到两个读取所有样本)丢弃。使用VSEARCH嵌合体被移除,21数据库使用RDP黄金22作为参考。读取包含PhiX或适配器定义的解模糊(QIIME2的一部分)23日24被消除。使用RDP分类器分类任务是执行25对SILVA_11926序列数据库的基础上,汇总属和门水平,进一步探索。读取与真核生物的作业,以及读取和较低的相对丰度高达0.0005%在所有样本被排除在进一步下游分析。样本稀薄,α-diversity使用phyloseq计算27和素食28包R。29日平均30 921.4序列生成样本(从14到216 91 901序列;在线补充表1)。
后续的粪便样本收集3岁,16 s rRNA基因扩增和测序是使用地球微生物项目协议完成的。30 31V4 16 s rRNA基因放大区域定制515 f正向引物(Sigma-Aldrich,圣路易斯,密苏里州,美国)和806 r反向引物(Sigma-Aldrich)通过使用一步,single-indexed PCR方法。图书馆是paired-end测序(2×250个基点)的Illumina公司MiSeq平台的癌症和伯明翰大学基因组科学(英国伯明翰)。每个样本平均59 601.5序列生成(从22 986 95 091序列;在线补充表1)。
整个metagenome鸟枪测序
提取DNA样品7天、28天的评分是用于整个metagenome猎枪(WMS)测序进一步区分可能的更多细节在这些时间点的差异。这些跨度为选择由于围产期抗生素的作用是将有限的最为明显混杂在这些样品中环境因素的影响。与胎粪,在第七天,人类DNA的数量将减少并发增加有限的先锋细菌物种的DNA存在于早期的微生物。32在28天,多样性将会增加由于大量增加韦永氏球菌属,链球菌,双歧杆菌属和肠杆菌科。33因此,围产期因素之间的关联和分类成分可能会更明显早期样本相比,1个月后第一周的生活。323岁的采集DNA样本并不与WMS测序,由于微生物达到了一个更加稳定的形式34由于围产期和差异影响将消失。
大约1 - 5 ng中提取DNA作为输入的Illumina公司Nextera XT DNA库准备工具包和条形码使用Nextera XT指标,按照制造商的说明(Illumina公司,圣地亚哥,加利福尼亚州,美国)。孤立的DNA“tagmented”(与适配器保持酶的“剪切”和标记),添加条形码单循环PCR扩增,纯化,正常使用Illumina公司珠子。最后图书馆量化使用表达载体Quant-iT dsDNA(高灵敏度)分析(热费希尔科学)使用一个微型板块阅读器,等量的每个库被汇集,然后测序综合微生物资源(哈利法克斯达尔豪斯大学(NS)使用2×150 bp PE读取一个Illumina公司NextSeq 550使用高输出v2.0化学。平均9 274 349.4序列生成的样本(从1 076 734至19日473 464序列;在线补充表1)。顺序读取受到MG-RAST管道(V.4.0.3)默认设置。35 36顺序读取被sBLAT分类学的分类相似搜索针对M5rna数据库,整合了席尔瓦,26绿色煤电37和RDP38数据库。预测蛋白质的功能分类是由对M5nr sBLAT相似性搜索数据库,39提供冗余的集成许多数据库:基因库,种子,IMG, UniProt, KEGG和蛋酒。
抗菌素耐药性基因在WMS数据集与深度学习的方法,预测DeepARG。40翻译fasta序列文件(所有可能个开放式框架)被用作DeepARG输入。所有潜在的抗菌素耐药性基因被确定使用抗生素耐药性的综合数据库41DeepARG。
脐带血
头孢呋辛等离子体浓度(毫克/升)测定用高效液相色谱-紫外检测分析验证的临床药学、药理学,荷兰格罗宁根大学医学中心。根据欧洲药品局验证进行了指导方针。定量的下限为0.4 mg / L和定量的上限是100 mg / L。变异系数小于4%,在整个工作范围内。
统计分析
人口数据
人口数据进行了描述性的。3岁的健康结果变量,比较三个学习小组之间的连续变量使用单向方差分析正常分布为非正态分布的变量变量和克鲁斯卡尔-沃利斯检验。的χ2测试是用来比较两个结果变量。差异被认为是重要的,如果双边p值< 0.05。
统计分析16 s rRNA基因测序数据
在每个时间点,微分的丰度分析发现类群进行了微生物结合的分析偏差纠正(ANCOM-BC) (V.1.2.0)42在R (V.4.1.0) phyloseq (V.1.36)。ANCOM-BC使用线性回归框架来估计未知的成分以及采样序列的分数统计数据。所有CS之间的差异和阴道分娩婴儿出生,以及两个CS组A和B之间的差异进行评估。由此产生的大组p值修正为多个测试评估积极的错误发现率43因此所有报道p值调整p值。的R-package ggplot2(3.3.5)是用于可视化。
Within-sample多样性计算使用属水平上的香农多样性指数数据为每个组在每个时间点。点之间多样性计算基于Bray-Curtis在属水平距离数据,并使用不同的矩阵计算的主坐标分析(PCoA)。PCoA过程执行使用Canoco 5软件对多元数据探索。44
统计分析全metagenome鸟枪测序数据
微分丰度分析产生的数据集与ANCOM-BC WMS测序进行如上所述。此外,在每个时间点相同的方法之后的功能注释的数据集。
所有潜在的抗菌素耐药性基因(由DeepARG identitifed)数量受到Wilcoxon等级测试和计算之间的p值两个CS组a和B在第七天,28天。
结果
微生物分析
基于16 s rRNA的微生物组成:阴道分娩与CS出生婴儿
与阴道分娩婴儿出生,CS的两组都显著降低香农多样性在28天(p < 0.001) (图2一个)。图2 b, C显示16 s rRNA基因分类组成样本收集来自阴道出生婴儿集群以排除从CS出生婴儿采集的样本在7天、28天的评分。在CS组,inter-individual差异明显,似乎战胜了潜在的抗生素管理引起的差异。β多样性的情节,主要从阴道样本组坐标也聚在一起在28天,而样本的CS组没有(在线补充图1)。3年后,香农多样性和主坐标分析的差异消失了(在线补充图1)。
意思是香农多样性指数和微生物群的分类组成。(A)的意思是香农多样性指数计算的分类作业(属级)16 s rRNA基因序列分析收集的粪便样本,7和28天产后婴儿的母亲通过剖腹产交付要么接受预防性抗生素之前皮肤切口(A组:产前抗生素暴露婴儿)或后线夹(B组:产前抗生素未曝光的婴儿)。收集的粪便样本也从阴道分娩婴儿出生的第三组(C组)。由16 s rRNA基因测序样品进行分析。天1和7之间没有显著差异存在的婴儿从所有三组。在第七天,香农多样性是1.03 1.36 A组和B组(p = 0.23)。在28天香农多样性指数明显高于阴道分娩婴儿出生的相比,剖腹产组(p < 0.001)。(B和C)左侧系统树图显示了分类作业的无监督聚类分析的结果(属级)基于Bray-Curtis不同。样本收集从阴道分娩出生的婴儿(C组)集群排除样本来自剖腹产出生的婴儿(A和B组)。右侧;分类中演示的微生物群组成个体样本收集的热图天7 (B)和(C) 28天描绘的相对丰度(%)15最丰富的细菌的家庭。
没有发现不同的微生物群在门水平,阴道分娩和CS之间出生的婴儿在天1和7。与阴道出生的婴儿相比,微生物群的CS出生婴儿怀有一个减少大量的拟杆菌在28天(p < 0.001),同时增加壁厚菌门(p = 0.001) (在线补充图2和在线补充数据集1 a - c)。在属水平,众多差异被发现包括减少拟杆菌并发增加肠球菌(在线补充数据集1 d-f)。3岁的,没有差异,阴道分娩和CS婴儿出生出席门也属水平。
基于整个metagenome微生物组成:阴道分娩与CS出生婴儿
在门水平,减少大量的拟杆菌门和增加了乳酸菌在CS在第七天出生的婴儿被发现。在28天,也减少了大量的拟杆菌门出现在CS出生的婴儿(在线补充图3和在线补充数据集2 a, B)。
在属水平,计算机科学的微生物群出生婴儿怀有丰富的下降拟杆菌,普氏菌和Akkermansia相比之下,在第七天,阴道分娩婴儿出生。此外,显著差异中发现了丰富的其他13个属天7 (在线补充数据集2摄氏度)。也在28天,丰富的属拟杆菌,普氏菌和Akkermansia减少CS出生婴儿。丰富的克雷伯氏菌,假单胞菌,肠球菌,梭状芽胞杆菌和肠杆菌属在CS出生婴儿显著增加,与其他的变化丰富的57属28天(在线补充数据集2 d)。在物种水平上,有显著差异在118年和188年的物种在7天、28天的评分,分别。这些物种主要属于前面提到的属,属的成员双歧杆菌属(在线补充数据集2 e, F)。
众多的功能基因的丰度也明显不同,阴道分娩和CS之间出生的婴儿每天7(133个基因)和27(663个基因)。这些基因的概述中描述在线补充数据集2 g H。
基于16 s rRNA的微生物组成:CS组
没有香农多样性指数差异被发现在所有四个时间点之间的两个CS组(图2一个)。β多样性情节还显示没有差异(在线补充图1)。样品收集的热图7天、28天的评分表明,阴道组织聚集在一起,但并没有证明清楚区别这两个CS组(图2 b, C)。没有发现差异之间的分类组成组A和B在门级别(所有四个时间点在线补充图2),也不属和物种水平。门的概述和属比较两者之间基于16 s CS组序列数据以及调整p值中演示了在线补充数据集3 f。此外,没有差异(潜在)抗菌素耐药性基因被发现在生命的第一个月(在线补充图4)。
基于整个metagenome微生物组成:CS组
在门的层面上,两个CS组之间没有差异被发现在第七天也在28天(在线补充图4和在线补充数据集4 a, B)。也属和物种水平,产前之间没有显著差异被发现抗生素暴露和未曝光的CS出生的婴儿(在线补充数据集4氟)。
分析子系统(套功能角色一起实现一个特定的生物过程或结构复杂的)45没有显示任何两种CS协议之间的区别。在7天(4 g网络补充数据集)和28岁(在线补充数据集4 h)的丰富的分析功能都CS组显著差异。
功能进一步调查专门为(潜在)抗菌素耐药性基因,但这些CS组之间没有显著差异在第七天(p = 0.88),也在28天(p = 0.20) (在线补充图4)。
头孢呋辛脐带血的水平
在17日的20国集团包括婴儿脐带血液分析来确定头孢呋辛的水平。两个样品被排除,因为两个母亲收到预防因为怀疑克林霉素头孢呋辛过敏和在一个案例中收集的血液样本是不正确。头孢呋辛的分析样本中位数是13.7 mg / L(差11.2 - -17.8 mg / L),上面大部分细菌的最低抑制浓度(MIC)的物种。46
问卷出生后3年
没有观察到不同健康状况在三组之间的3岁(在线补充表2)。
讨论
在这个个随机对照试验,孕产妇预防性抗生素管理时间的影响在CS的微生物和健康状态3岁的婴儿被评估。此外,研究结果与对照组相比,阴道分娩的婴儿出生在同一时期。这项研究证实了以前的发现,CS交付通常会导致对初始微生物定殖产生深远的冲击。之前我们的数据表明,产妇抗生素管理CS不会导致的“第二次打击”已经破坏微生物在CS出生婴儿。
婴儿的CS的速度继续增加。目前,报告率变化从大约四分之一到一半以上的婴儿。47在这项研究中,除了减少多样性,丰富的无数的门,属物种显著影响CS交付。主要的畸变的微生物群中发现CS出生婴儿包括减少大量的成员属于类拟杆菌和双歧杆菌属增加大量的变形菌门和enterococci在第一个月的生活。这些发现在很大程度上符合先前的研究证明大量的减少拟杆菌门,48减少多样性49和增加机会致病菌,主要包括enterococci CS出生的婴儿。48 49知识的发展和影响围产期因素对物种水平仍然是有限的。我们通过Saturio确认结果等50CS出生的婴儿有大量减少b . bifidum和b . catenalutum,但我们没有发现增加了丰富的证据双歧杆菌属物种如b . adolescentis和b . animalis。众多物种的丰度,主要提到属类群,是影响交货的路线。
改变微生物群殖民化之前一直与干扰免疫系统和长期并发症的发展。4 - 6双歧杆菌和拟杆菌例如,一般被认为具有积极健康的主机。51 52双歧杆菌产生醋酸和乳酸作为屏障对致肠病的感染。延迟殖民与双歧杆菌与记忆b细胞数量下降后在婴儿期和免疫失调,53与多个非传染性疾病的风险增加,因此在以后的生活中。51拟杆菌也影响免疫开发和消耗的属初级阶段可能产生负面影响t细胞反应。变形菌门组成多个已知的人类病原体。增加大量的变形菌门被认为在许多临床条件。此外,微生物群耗尽拟杆菌增加大量的变形菌门婴儿期与长期并发症包括有关受损的神经认知发展。54
除了CS本身,它已经表明,产后抗生素影响微生物类群丰富的基石。55抗生素的早期接触减少多样性,丰富的拟杆菌和双歧杆菌属物种和增加丰富的肠杆菌科。56目前尚不清楚是否影响孕产妇IAP像产后抗生素对微生物群在CS出生的婴儿,并进一步增加microbiota-related长期的健康并发症的风险。在阴道分娩婴儿出生,母亲IAP已经被证明可以减少多样性和丰富的拟杆菌门双歧杆菌和增加丰富的变形菌门,15日16这可能增加的风险-长期的健康结果。4 - 6可能是反直觉的认为负面影响孕产妇IAP只存在于阴道分娩出生婴儿和CS出生的婴儿。这是第一个随机对照试验评估对婴儿的影响微生物群殖民期间暴露于孕产妇IAP CS在随机设计使用宏基因组。尽管高浓度的头孢呋辛测量脐带和众多物种的人类肠道微生物群容易头孢呋辛,57 58我们发现宫内暴露于抗生素不会导致的“第二次打击”已经破坏微生物在CS出生婴儿。
以前只有一个随机对照试验研究了抗生素管理时间的影响在CS的婴儿使用16 s rRNA基因测序的微生物群。59在这个研究中,对婴儿的影响微生物群测定10天后,9个月。符合我们的发现,没有了差异的分类组合在产后10天,但明显降低微生物物种丰富度在子宫内发现抗生素暴露婴儿在9个月后。除了16 s rRNA测序,我们使用WMS分析样本。两种方法进行定量定性大大不同,可以产生不同的结果。60 - 64WMS的优势是它提供了直接的信息是否存在特定的微生物抗生素耐药性等功能。60 - 64因为它已经表明,围产期因素可以影响不同物种的丰度相同的属在相反的方向(例如,增加b . bifidum和一个同步下降b . adolescentisCS)后,分析物种的重要性水平,可能与WMS是强调。50先前的研究显示只有疲软的扩增子测序数据和WMS测序数据之间的相关性,这也许可以解释为什么我们观察两种方法之间的差异的结果。16 s和WMS数据集之间的差异可能会进一步被解释为PCR引物的偏见。65年因为这两种方法都有自己的优势,因此认为是互补的,它被认为是有用的分析样本与这两种技术。60 - 64
除了16 s rRNA扩增子测序和WMS测序相结合,使得分类分析物种水平,分析功能基因和抗生素抗性基因,本研究的其他优点包括随机对照研究设计的CS组和包容出生的阴道分娩组。应用严格的纳入和排除标准偏差的风险有限,长期随访提供了洞察长期微生物群的发展。暴露浓度头孢呋辛脐带血的新生儿提供有价值的信息在抗生素暴露的程度。尽管短曝光时间30分钟,平均浓度13日7毫克/ L可以发现脐带,上面的麦克风细菌物种。46 57 58限制我们的试验包括样本量相对较小,阻碍公司得出结论关于长期的健康结果。
产妇感染发病率减少的原因是IAP的时机相关修改建议不错的指导方针。7日12女性接受抗生素之前CS的影响在3.9%,主要由子宫内膜炎和伤口感染,与之相比,6.9%的女性接受抗生素后线夹(风险比:0.57,数量需要治疗:33.3)。12重要的是,对新生儿肠道微生物定殖的影响和长期影响抗生素暴露没有调查之前,这些调整的指导方针的实现。值得注意的是,大多数合格的父母首选的治疗根据前面的不错的指导方针,考虑抗生素的不确定风险暴露比证明保护更重要对产妇感染风险的影响。这里,我们首次表明,坚持当前不错的指导方针似乎并没有显著影响婴儿粪便微生物3岁。未来的研究应该确认产前暴露于抗生素CS的假设的确不影响长期的健康结果,如哮喘、过敏和肥胖。5这些研究可能会进一步减少父母和医生的不确定性和怀疑是否有益的保护作用对母亲的指导调整不会导致消极的长期后果的孩子,证明该方针的调整。
结论
我们证实了早期的微生物发展强烈影响的交付方式。在这个个随机对照试验中,我们观察到产妇抗生素管理之前发作的CS根据当前的指导方针,似乎并没有进一步影响破坏微生物群发展CS出生的婴儿。干扰微生物定殖曾被关联到一个干扰免疫系统的启动,即使这些微生物扰动恢复。因为通过CS每年约有3000万婴儿出生,66年前瞻性研究是很重要的,包括大量的夹杂物验证我们观察到产前暴露于抗生素CS出生婴儿早期生活似乎并没有影响微生物群发展,没有长期的健康后果。
数据可用性声明
合理的请求数据。在线发表的研究协议(doi: 10.1186 / s13063 - 019 - 3552 - 8)。生成的原始序列数据集和鉴定参与者数据可以在合理的请求从相应的作者道明。
伦理语句
病人同意出版
确认
作者要感谢所有对这个试验病人和医护人员的贡献。作者要感谢本意de Weerd对她的指导和帮助生物信息学参与这项研究。
引用
补充材料
脚注
JdV和TdM联合高级作者。
贡献者TdM和JdV设计的学习和研究的总体责任。DB, NS, LV和TD包括参与者和收集的数据和材料。JVL监督整个metagenome测序的性能。GR监督16 s rRNA基因测序的性能分析和排序的统计数据。DT的头孢呋辛的分析。TD和TdM写这篇社论的带领下,和所有其他作者的贡献同样的评论和反馈。TdM的担保人。所有作者阅读和批准最终的手稿。相应的作者证明了所有作者列出符合作者标准的国际建议和没有其他会议的标准被省略了。
资金这项研究部分由纽迪希亚研究(荷兰乌得勒支)通过微生物群的融资成本分析和左Zeldzame Ziektefonds。全metagenome测序由加拿大健康研究院的支持(CIHR) -加拿大Gastroenterology-Crohn结肠炎加拿大新调查员协会奖(2015 - 2019),加拿大研究主席Tier 2平移Microbiomics(2018 - 2019)和加拿大创新基金会领导约翰·r·埃文斯基金(JvL大奖# 35235和# 36764)。资金来源的研究人员宣布他们的独立。所有作者都完全访问所有数据(包括统计报表和表)的研究,负责数据的完整性和数据分析的准确性。良好的出版实践指南(GPP2)之后。
免责声明的资金来源没有参与这项研究的设计和实施;的收集、管理、分析和解释数据;准备、审查或批准的手稿;并决定提交出版的手稿。
相互竞争的利益所有作者已经完成了国际医学期刊编辑委员会(ICMJE)统一的披露形式http://www.icmje.org/conflicts-of-interest/。作者AE、圣、JK和GR达能纽迪希亚的员工研究这部分资助的临床试验。TdM曾作为达能的议长纽迪希亚研究和美赞臣。NdB担任议长AbbVie和MSD。他担任顾问和/或主要研究者梯瓦制药BV和武田。他已收到(无限制)从福尔克博士科研补助金,梯瓦制药BV和武田。其他作者没有金融信息披露,将是一个潜在的利益冲突。
出处和同行评议不是委托;外部同行评议。
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