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目标持久肠胃炎后肠功能障碍(传染病后(π)bd)承认,但是相关的微生物群的变化尚不清楚。我们的目的是定义这些变化肠胃炎后由一个单一的有机体,空肠弯曲杆菌,考察微生物群的动态变化和抗生素的影响。
设计一个只有155名患者感染的队列研究空肠弯曲杆菌。最初的疾病的特点以及当前的肠道症状和肠道微生物群组成记录后不久感染(参观1,< 40天)以及奖金的日子> 80天后(访问2和3)。使用16 s rRNA测序的微生物群进行了评估。
结果PI-BD被发现在22日的99名患者完成了试验。报告的病例明显宽松的凳子,更多的躯体和胃肠道症状。微生物群进行评估在22例显著降低多样性和改变微生物群组成与44岁年龄和sex-matched控制。而且在感染后60天,例显示显著降低大量的23类群包括门壁厚菌门,尤其是梭菌的顺序和家庭Ruminoccocaceae,增加变形菌门Fusobacteria和Gammaproteobacteria丰富和提高水平。微生物群的变化与饮食;高纤维消费水平较低的被关联Gammaproteobacteria。
结论PI-BD病人出现更多的微生物群被最初感染的微生物群恢复的人相比。高纤维饮食的生命起源以前的效果可能会抑制一些PI-BD的干扰。
试验注册号码NCT02040922。
- 肠道微生物
- 空肠弯曲杆菌
- 肠易激综合症
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来自Altmetric.com的统计
已知关于这个主题是什么呢
微生物群的变化包括减少一些梭菌属的分类单元,增加变形菌门的不定地报道肠易激综合症(IBS)。
大约有13%的IBS患者报告传染病后起源(PI-IBS)。
弯曲杆菌肠炎改变了微生物群和14%的情况下开发PI-bowel功能障碍(PI-BD),但这些有关如何尚不清楚。
这个研究增加了
复苏的微生物群PI-BD从那些排便习惯不同显著恢复正常。
PI-BD与减少壁厚菌门和增加Proteobacterial类群(包括类Gammaproteobacteria类群)持续> 12周。
低消费的纤维与Gammaproteobacteria水平上升有关。
这项研究可能会如何影响研究、实践或政策
通过在PI-BD指示特定的微生物群的变化,它将促进微生物群的有针对性的操作(例如,膳食纤维,益生菌或粪便微生物群移植)恢复正常功能。
背景
传染病后肠易激综合征(PI-IBS)是一种常见症状复杂发生在大约在10的肠炎病例1并可能占到所有肠易激综合症病例的13%。2发展中PI-IBS似乎更大的风险,原生动物和细菌肠炎与病毒性肠胃炎。1相关的激活免疫系统是一个重要的战略病原体感染肠道微生物群,因为它会抑制居民尤其是厌氧菌,允许感染病原体的生长3以及其他潜在的致病类群。在厌氧代谢产物减少,包括短链脂肪酸(SCFAs)和二次胆汁酸,提高结肠细胞腔的pH值4个5和减少殖民抵抗,通常允许内的病原体和Proteobacteriacae,包括兼性厌氧菌等Enterobacteriacae。6
健康的微生物群的定义是复杂的大型主题之间的成分变化。7尽管如此,等参数高基因多样性和丰富性,SCFA产量的丰度和弹性被认为是有关健康的标志。7 8弹性的微生物群能够回到原来的成分后面对扰动,这种感染,而non-resilient微生物群可能永久地改变其组成一个新的改变生态失调的状态。8 9它已经表明,在健康受试者中,肠道微生物群后迅速恢复非炎症引起的腹泻如渗透泻药如聚乙二醇,在结肠内腔alkalinised。10这是与厌氧菌的深刻的消耗和增加变形菌门,但观察失调主要是逆转后14天。11然而,主机或饮食因素确定炎症腹泻后的微生物群的复苏尚不清楚,而潜在的病人缺乏弹性特征尚未PI-IBS发展。大多数研究PI-IBS结合患者的感染不同病原体,这介绍了相当大的变化,因为每个病原体都有独特的功能。我们的工作一直试图减少这种变化通过专注于单一病原体的来源,空肠弯曲杆菌,12最常见的原因之一,在欧洲细菌性肠胃炎。13
以前的试验研究表明,PI-IBS后弯曲杆菌肠炎可以通过索引特征基于27个类群的微生物生态失调,杰出PI-IBS从控制。特点是12倍的拟杆菌门类群的病人,并减少35-fold严格厌氧生物特征:梭状芽胞杆菌与健康对照组相比落后。14这些发现被复制在一个荟萃分析包括额外PI-IBS组。15此外,类似的研究结果出现在那些持续肠功能障碍(BD)c .空肠肠炎但不符合罗马标准(传染病后BD PI-BD)。14
本研究的目的是更详细地定义和更大的病人数字串行微生物群恢复的变化在3个月后culture-proven传染性肠胃炎由于c .空肠。我们比较了微生物群组成,肠道症状,大便形状和饮食习惯和潜在的诱发因素PI-BD控制患者的大便恢复正常的3个月内感染。先前的研究表明,PI-BD比PI-IBS更常见,但也有类似的肠道紊乱,即持续腹泻,主要区别是缺乏疼痛。16我们提出,会有一个区别那些PI-BD他们对感染的反应和恢复期间。更具体地说,我们希望看到一个最初的微生物多样性的丧失所有的病人,在那些更大的扰动发展持久的BD。我们旨在确定这些指标对PI-IBS-associated non-resilience主要微生物群。
材料和方法
主题和研究设计
这是一个只有阳性患者的队列研究弯曲杆菌种虫害在诺丁汉的英国公共卫生实验室。一般的数据保护法规和沉重的工作量意味着潜在参与者被告知他们的诊断和邀请参加每周寄出。只有一次这个话题了可以联系我们协商的日期。这意味着第一个访问数周后最初的诊断。图1显示招聘细节。临床研究包括所有155个合格的受试者临床病情的细节,提供心理参数和肠功能。
配偶关系图。48机械控制选择,因为他们提供最完整的粪便样本集。机械的研究被证实是无偏的大型临床研究通过展示在人口没有明显差异,心理分数也不标记初始疾病的严重程度(在线补充表S6-7)。配偶、统一标准的试验报告;炎症性肠病、炎症性肠病;肠易激综合症、肠易激综合症。
第一个收集的粪便样本微生物后尽早诊断和进一步的样本收集6和12周后诊断。我们之前的研究表明,症状持续12周会长期(> 6个月)。16然而,行政延迟意味着第一个收集粪便样本访问1的意思是46天(范围17 - 93)和最后的样本收集访问3意味着97天(范围57 - 160)从一开始的症状。
在访问1、资格确认和书面知情同意。人口统计和当前排便习惯记录,完成医院焦虑和抑郁量表17和患者健康量表躯体症状量表(PHQ-12 SS)。18他们也被问及标记的急性疾病严重性的特点包括直肠出血、呕吐、体重减轻、休假期间正常活动和任何抗生素治疗。
病人被要求为每个访问(参见收集粪便样本在线补充方法更多的细节)。如果访问1在5周内发生的诊断,病人被要求换取访问2 6周(通常1星期后)提供一个进一步的粪便样本。诊断访问3,12周后,病人被要求完成一份调查问卷,关于他们的肠道症状从过去一周,并提供一个进一步的粪便样本。
饮食数据
我们分析了7天完成食物日记在访问的19例2和访问3返回一个适当的食物日记和年龄,sex-matched 31控制。饮食数据从每个记录是手动进入饮食软件包:Dietplan 7 (Forestfield软件V.7.00.64)进行营养分析。常量营养元素和微量元素分析是基于McCance和Widdowson食物成分数据,英国。一套截止能量摄入是≤800千卡的能量水平或≥4500千卡/天删除难以置信的报道的摄入量。
凳子上测量
粪便短链脂肪酸含量和干重以访问2和访问3 14例样本和23个控件提供足够的额外的粪便样本。样本使用气相色谱分析-质谱法进行了分析。19
微生物群分析
粪便DNA提取使用验证方法。20 21总之,细胞细胞溶解使用珠搅拌器(美国印第安纳波利斯麦格纳赖氨酸,罗氏诊断)。醋酸铵、异丙醇和离心沉淀蛋白质和核酸。商用设备(QIAamp DNA迷你工具,试剂盒,Venlo,荷兰)被用来打扫DNA的RNA和蛋白质。DNA在200年被筛选了μL nuclease-free水。
分析了微生物群组成的Illumina公司MiSeq platfrom放大了V3-V4 16 s rRNA基因高变区。22获得的序列读取(平均88 213 /样本)与母马R仪表使都喜欢包23ProcessReads和TaxonomicTable功能这些详细的使用在线补充方法。我们使用了席尔瓦16 s rRNA参考数据库(115年版)分类任务。预处理后,平均有64 385读/样本(从28 680 351 004)。读取已存入ENA (PRJEB52306)。
结果测量
临床研究
主要结果是双相障碍患者的比例12周后感染的实验室报告,以下称为PI-BD。这是由问题的回答“不”“有你的大便恢复正常,因为你的弯曲杆菌感染?在访问3。我们使用这个简单的测量,而不是罗马自定义我们知道从先前的研究16大量的那些抱怨持续改变排便习惯不符合罗马标准,主要是因为他们没有经历明显的疼痛,尽管所有的其他关键症状。二次结果包括会议罗马III标准肠易激综合症的患者数量(除了6个月时间),以便更容易与其他研究进行比较。我们也检查的影响,年龄、性别、心理因素和严重程度的初始发展PI-BD疾病的风险。
微生物群分析
主要结果是微生物群恢复从多样性评估,丰富和大量的细菌类群的关键。次要结果之间的关联饮食组件和短链脂肪酸浓度和粪便含水量。
统计分析和样本大小的计算
临床研究
数据表示的意思是(SD)和非对称数据值(差)。统计分析都是由使用R (V.3.6.1)和GraphPad棱镜(V.8.2.1)。与科达的正常测试2测试。疾病严重程度的统计差异标记测试使用确切概率法或未配对t检验,根据常态。
我们原计划招募450名参与者的目标80%功率检测PI-BD增加从25%到39%服用抗生素在那些没有服用抗生素,假设30%的抗生素。然而,达成最终的资金只有155受试者招募了所以我们这个端点明显动力不足。然而,机械的研究是比预期更大,被改变的一个最大的深入研究微生物群弯曲杆菌肠炎。
微生物群分析
排除偏见由于抗生素消费,我们排除了所有样品收集与受试者使用抗生素(n = 18日9每个病例和对照组)直到报道感染后60天。所有分类排名从门到属级分类单元用于统计测试。微生物alpha-diversity评估利用逆辛普森多样性指数扩增子序列方差(ASV)水平的数据。之间没有显著相关性α多样性和读计数(见样例在线补充方法)。主坐标分析(PCoA)被用来论述Bray-Curtis想象微生物beta-diversity使用ASV-level数据。统计区别组织PCoA测试使用素食包函数使用permanova和阿多尼斯。测试细菌丰度差异情况下,控制和细菌类群之间的关联和营养组件和短链脂肪酸,广义线性混合模型(详细在线补充方法)。这里,每个样本的阅读数量作为一个偏移量和主题的年龄作为一个混杂因素。这也是支持的斯皮尔曼相关测试。获得p值的多个测试与调整falce发现率(罗斯福)方法,和FDR-adjusted p值(q值)低于0.05被认为是重要的。
结果
临床研究
有22的99名受试者完成了试验,报告说他们内部没有恢复正常后感染(例)和77例的肠子正常化(控制)。作为表1所示,病例明显更可能是年轻,女性和somatisation评估得分明显较高。PHQ-12 SS区分的主要特征记录病例控制失眠,头痛,背部和四肢疼痛和昏睡(图2一个)。双相障碍的主要特征包括腹胀,更频繁的发作的痛苦便溏,更多的紧迫感和凳子被更多宽松或水(见表1)。
不同患者的症状后3个月肠胃炎,病例组和对照组(A) PHQ-12S平均分数,显示睡眠障碍的患病率增加(p < 0.0001),头痛(p = 0.034),背部疼痛(p = 0.015)和四肢疼痛病例(p = 0.0248)。统计significanse用星号表示。(B)比例的松散和水样粪便含水量。例明显更可能报告/水样稀便被确认与粪便含水量的显著差异(p = 0.04)。(C)消化系统症状。的情况下也报道更多的感觉肿胀(p < 0.001)和紧迫性(p < 0.001)。胃肠道、肠胃;PHQ-12S,病人健康量表体细胞。
描述PI-BD
病例的特点是明显宽松的凳子在感染后3个月(图2 b和表2)。病例粪便含水量显著大于控件(情况下,n = 14,意味着(SD) 77.95 (6.70) %;意味着控制,n = 23日(SD) 71.97(7.83) %,确切概率法p = 0.04,图2 c)。此外,经常情况下了紧迫感和肿胀的感觉,和可见的腹部肿胀(表2)。罗马III标准IBS满10(45%)情况下非常类似于其余12,不符合标准(PI-BD)与年龄无显著差异,焦虑,抑郁也不是PHQ-12党卫军。此外,标记的严重性肠胃炎PI-BD或PI-IBS之间没有显著差异,包括发热、便血、呕吐和抗生素消费(见在线补充表S1)。
肠胃炎严重程度的标志
我们发现病例明显更可能报告发烧期间胃肠炎(82%病例和55%控制,p = 0.02),但其他标记等严重的便血、呕吐、休息日工作或体重没有显著不同(见例和控制在线补充表S2)。
抗生素和伴随的药物对疾病的影响经济复苏
没有显著差异的比例情况下与控制接受抗生素处方(分别为41%和32%,确切概率法p = 0.45)。病人抗生素没有任何更糟的是在最初的疾病和症状没有临床特征明显不同于那些没有(见在线补充表S3),然而,他们更有可能参加全科医生(GP)不止一次这种疾病(50% vs 28%,确切概率法p = 0.05)。我们的大多数患者健康和服用任何药物,这当然会影响微生物群。少数病人和控制了一系列药物没有一致的团体之间的差异(在线补充表S4)。
饮食习惯
受试者的一个子集(19例,31控制)的饮食习惯以及粪便短链脂肪酸浓度(14例和23控制)评估访问2和3。没有明显差异的营养成分或粪便SCFAs病例和控制或之间的时间点(在线补充表S5)。
微生物群研究
人口结构和疾病严重程度的情况下和控制机械的研究并没有明显的区别于那些较大的队列(见在线补充表S6和S7分别)。
收集的样本中,微生物群组成不到40天后肠胃炎是受感染的影响
最大的影响微生物群组成以来最初的感染,在12周内逐步复苏的研究。早期的样本,收集报道感染不到40天后,明显不同于后来的样品(MANOVA, p = 0.001,图3一)。微生物群恢复的差异特征在线补充表S8-S10。此外,有显著差异在微生物群复苏情况下与控件(MANOVA, p = 0.045,图3 b, C)。这些重大变化是由于增加了属的水平Collinsella(平均相对丰度10.7% vs 4.31%控制,负二项广义线性模型问≤0.001)Eggerthella在控制病例(1.82% vs 0.18%,负二项广义线性模型,q = 0.06, (在线补充表S8)。此外,有显著减少在许多情况下类群属于厚壁菌门的门,其中包括减少水平的属Faecalibacterium在控制病例(6.06% vs 8.45%,负二项广义线性模型,q < 0.001),肠球菌病例(0.05% vs 0.39%控制,负二项广义线性模型,q = 0.003)和类群Ruminococcaceae家庭(11.66% vs 18.22%控制,负二项广义线性模型,q < 0.001) (在线补充表S8)。
微生物群复苏后感染病例和控制。(一)PCoA情节Bray-Curtis不同科目。微生物群组成最大的变化是由于感染以来,样本获得早期感染后被明显不同于后来的(MANOVA多元方差分析,p = 0.001)。彩色的圆圈代表50%的数据。(B)逆辛普森多样性。微生物复苏在随访期间不同病例和控制。逆辛普森多样性表明,病例收集的样本中,无法恢复到正常水平超过80天后感染。梭状芽胞杆菌(C)总额的比例,Coriobacteriia Fusobacteria。也有显著的类级别差异包括降低梭状芽胞杆菌,但更高Coriobacteriia和Fusobacteria(详情,请参阅在线补充表S8-S10)。SE的意思是显示为胡须和统计上的显著差异(p < 0.05)和星号显示。PCoA,主要协调分析。
微生物群复苏
我们旨在关注微生物群恢复情况和控制之间的差异集中在后期报道感染后样品收集了超过60天以来最样品当我们有那些抗生素不再被排除在外。在这些样本中,α多样性(平均12.1 vs 15.8病例控制,方差分析,p = 0.015)和丰富性(平均132.1 vs 149.2控件,方差分析,p = 0.017,在线补充图S1)相比显著降低的情况下控制。此外,丰富的类群明显不同的几种情况和控制样本中收集后60天>报道感染(表3)。有显著减少大量的细菌从门壁厚菌门,尤其是从订单梭菌属的分类单元,与控制相比减少了20.1%。更具体地说,属于梭菌属的分类单元等Ruminococcaeceae和Christensenella都显著降低的情况下。此外,有两个属Coriobacteria (Eggerthella和Goronibacter)更丰富的案例和大量的家庭Coriobacteriaceae增加了32.2%在那些持久BD样本中收集了超过60天的报道后,感染。此外,Fusobacteria和几个分类单元门变形菌门增加的情况下,这些包括增加35.4倍克雷伯氏菌(Gammaproteobacteria类)的一员。
微生物群之间的联系和饮食组件,SCFA和粪便含水量
虽然病例和控制没有有不同的饮食习惯(54总共记录)或短链脂肪酸浓度(52总共记录)我们发现几个对他们的微生物群的概要文件。有38个重大关联计算线性模型之间的微生物群组成和测量SCFAs (在线补充表S11)所有的值也支持重要的斯皮尔曼相关。这包括正丁酸和属之间的联系Faecalibacterium(线性混合效应(日志),q = 0.09, r = 0.384)和消极的关系总SCFA浓度和Gammaproteobacteria(广义线性混合模型,q = 0.01, r =−0.36)。此外,还有23个协会食品组件。最引人注目的是,有一个强烈的负面关联Gammaproteobacteria和纤维的消费水平(广义线性混合模型、q = 0.03 r =−0.46,图4)、非淀粉多糖(广义线性混合模型,q = 0.05, r =−0.47)和淀粉(广义线性混合模型,q = 0.003, r =−0.43,在线补充表S12)。增加粪便含水量与水平的提高有关类betaproteobacteria(广义线性混合模型、q = 0.03 r =−0.23)。
纤维消费和gammaproteobacterial丰度之间的联系。协会是统计学意义(q = 0.032),低消费的纤维与高Gammaprotebacteria丰富。光区域表明SE的意思。
讨论
我们证实了以前的发现,PI-BD其次是弯曲杆菌感染的特点是稀便、腹胀和紧迫性建议整体运输更快。12 16 24 25是什么决定了这种变化的功能尚不清楚,但我们现在报告,肠胃炎的微生物群的复苏是慢,完成PI-BD情况下低于控制。这可能是一个关键特性相关的新症状包括多样性显著降低,而我们发现早期的样本。这是明显更大的情况下与控制和持续超过60天之后报道感染,无论使用抗生素。这可能是由于炎症,因为类似的物种多样性流失的报道与克罗恩病26日27日诺瓦克病毒感染后,28当我们发现,这也与变形菌门增加有关。在我们的研究中,案件没有不同于控制抗生素的使用和疾病严重程度除了更大比例(94% vs 55%)报告发烧。微生物群的变化很可能因此反映原文的韧性的综合效应微生物群与病人的炎症反应c .空肠。这耗尽正常共生的细菌,通过减少殖民抵抗,使病原体扩散。29日
成人肠道微生物组典型存在于稳定状态需要一个主要的障碍,如肠胃炎,永久改变这种状态。表明这种转变的情况下这个队列是巨大而持久的变化主要细菌类包括梭状芽胞杆菌的含量减少,一个分类单元通常与健康福利如SCFA相关生产。我们发现梭状芽胞杆菌的减少反映了增加类Gammaproteobacteria等情况下相比,控制感染后超过60天。有趣的是Gammaproteobacteria的水平呈负相关,总SCFAs专门丁酸和丙酸的酸。此外,病人的食用纤维,non-digestible多糖和淀粉与Gammaprotebacteria丰度负相关。有大量证据表明,高纤维消费的健康福利通过增加部分介导SCFA生产在结肠pH值降低,抑制Gammaproteobacteria的增长。30 -综上所述,这表明高纤维饮食可能有助于纠正微生物群干扰和防止PI-BD,这应该进一步评估随机对照临床试验。
我们这里显示病例显著减少微生物多样性和总厚壁菌门,尤其是类群梭菌属的和Ruminococcaceae组。这可能反映出持续干扰交通所反映的增加粪便含水量和报告松散或水样便。这是符合先前的发现,即使在健康受试者,大便软与多样性减少。33大多数人研究了坚实的凳子Ruminococcaeae-Bacteroides菌群展示不同的一致性支持却能合成更多形成不同的物种。快速交通和粘膜炎症打扰的anaerobicity结肠环境,使得严格的厌氧菌和兼性厌氧菌和那些快速复制如Gammaproteobacteria和Fusobacteria,增殖和空置的生态位。类似的减少壁厚菌门最近报道来自秘鲁儿童医院治疗肠胃炎,特别是那些与弯曲杆菌等细菌感染、志贺氏杆菌和沙门氏菌。34同样,持续减少壁厚菌门和增加变形菌门在炎症性肠病被认为代表增加可用性的小分子产生的炎症过程,如一氧化氮和活性氧物种,可以作为电子受体Proteobaceria等兼性厌氧菌。35
的几位Coriobacteriea家庭增加PI-BD后早期感染病例和增加丰富持续整个研究。先前的研究也与IBS相关的这个家庭。36-38Vich维拉等曾研究过412年一群IBS患者猎枪宏基因组显示,IBS患者Coriobacteria程度会增加,尤其是属Eggerthella。这是补充等几个重要的梭菌属的物种的大量减少Ruminococcaceae,37模式也发现在我们的情况下。类似的大量增加Coriobacteriaceae,变形菌门和Fusobacteria据报道roux - en - y手术后肥胖。39 40与先前的发现和共同方面我们PI-BD病人可能更快的运输通过肠道,以多种方式改变了结肠环境包括减少二次胆汁酸,提高pH值和减少SCFAs。
虽然梭菌属占总细菌的只有一小部分是明显更高的都会在我们的案例研究。梭菌属也被指出是集群的一部分特征的生物体后立即绽放诉霍乱感染。6低厚壁菌门和增加的模式梭菌属的特殊利益因为强调从母体分离大鼠相同的模式被认为和超敏反应的严重程度在母亲般地剥夺大鼠直肠膨胀与梭菌属数字。41此外,当填喂法成老鼠,梭菌属引发内脏过敏症。42
先前的研究表明,PI-BD比例增加的风险的严重性最初的侮辱。16我们发现,在发展中PI-BD发烧是一个重要的危险因素,可能严重程度的一个标志反映出由于渗透性增加c .空肠感染43允许系统访问致热源,如脂多糖。我们的研究结果与最近的一项荟萃分析,接受抗生素为发展PI-IBS被认为是一个风险因素。1我们做了,然而,发现那些接受抗生素更有可能使多个访问医生尽管类似疾病严重程度的标记这可能反映了潜在医疗寻求行为的差异而不是直接影响抗生素。这是我们发现支持的情况下PHQ12-SS明显升高,证实了其他研究已经表明,不良的心理特征,如神经质,44抑郁症12和多个non-gastrointestinal躯体症状2增加postinfective肠易激综合症的风险。正如最近的荟萃分析45报道女性与男性相比相对风险增加发展中PI-IBS平均(95% CI) 2.2 (1.6 - 3.1)。相对风险在我们的研究中,尽管高4.2是同等数量的男性和女性参与但为什么不清楚和性别似乎没有影响到微生物群。
只有一小部分的总1286感染患者选择参加这提出了一个问题:偏见。然而,学科发展PI-BD的比例,22%实际上是非常接近25%报告在我们不要求调查之前报道的反应率要高得多在72%。16这表明肠道失调的严重程度并不是一个主要因素在决定参与,但众多的其他因素,如利他主义,接近学习网站和花时间的工作的能力。那些PI-BD确实显示大somatisation在其他研究已经发现1 2但潜在的机制尚不清楚。通过选择那些大便恢复正常控制我们旨在控制的许多因素影响传染性肠胃炎,主治医生,将粪便样本发送给公共卫生实验室,包括年龄、性别、严重程度和最重要的全球定位系统(GPs)的信念,相差很大。46那些报告的样品在3个月的肠功能恢复正常似乎是最好的估计是什么正常的控制。抽样也受限于行政障碍意味着我们不能得到样品最早时我们会希望变化可能是更多的实质性的,然而,由于我们的主要焦点是长期影响这也许是没有这样的限制。我们试图避免抗生素的影响,通过分析样本至少60天后抗生素消费代表妥协,因为扣除所有9/22例服用抗生素会严重不足,我们的研究。
描述性研究的一个重要的限制,如我们是不允许一个区分原因和效果。的另一种解释低多样性较低的情况下是那些最初的多样性更有弹性,因此倾向于更严重的感染和肠道功能障碍。有趣的是在一个屠宰场工人之间的弯曲杆菌感染的前瞻性研究,大量的预先存在的高拟杆菌和大肠杆菌的风险增加发展中弯曲杆菌肠炎47表明此概要会导致较低的殖民抵抗。我们的研究增加了现有信息和邀请两个进一步的研究来证实这项发现还包括干预措施,如高纤维/益生元或药物来减缓交通正常微生物群,改善症状。
数据可用性声明
合理的请求数据。
伦理语句
病人同意出版
伦理批准
所有的病人给书面知情同意,这项研究是2013年9月26日通过国家研究伦理委员会东米德兰兹-诺丁汉1(参考代码:13 / EM / 0310)。
确认
我们要感谢诺丁汉大学医院微生物实验室的成员和理查德Puleston博士和他的健康保护团队一起使我们发送了信件联系。
引用
补充材料
脚注
JJ和DG同样起到了推波助澜的作用。
调整通知本文已经被修正,因为它第一次在网上发布。图3所取代。
贡献者构思或设计工作:通用和RCS。数据收集:一,LJ,通用、DG, GS和毫升。数据分析和解释:JJ, DG, GS, SK, ML, FC、低频和电脑。起草文章:JJ, DG和RCS。关键的文章的修订:JJ, DG, GS, SK, ML, FC,低频,PC, LJ,一个通用和RCS。最终批准的版本发布:JJ, DG, GS, SK, ML, FC,低频,PC, LJ,一个通用和RCS。担保人:RS
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