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肠道微生物群
原始研究
UC粪便菌群移植中有效供体的微生物决定因素
  1. 克雷格给拿1，2，3.，
  2. 劳伦斯·唐魏·卢4，
  3. 苏达山Paramsothy1，2，
  4. 托马斯·J·博罗迪5，
  5. 梁伟杰1，2，
  6. 纳丁姆，卡库什4
  1. 1协和临床学校，悉尼大学，悉尼，新南威尔士州、澳大利亚
  2. 2消化内科，康科德遣返综合医院，悉尼，新南威尔士州、澳大利亚
  3. 3.消化内科，圣文森特医院，悉尼，新南威尔士州、澳大利亚
  4. 4医学院，新南威尔士大学，悉尼，新南威尔士州、澳大利亚
  5. 5消化系统疾病中心，悉尼，新南威尔士州、澳大利亚
  1. 对应到A/ Nadeem O Kaakoush教授，新南威尔士大学医学院，澳大利亚新南威尔士州悉尼2052;n.kaakoush在{}unsw.edu.au

摘要

客观的粪便菌群移植(FMT)治疗UC疗效不一。最近，研究发现口服冻干FMT可诱导UC患者缓解，一个供者的疗效为100%，而另一个供者的疗效为36%。我们描述了这两种供体肠道菌群的差异，目的是改善FMT供体的选择。

设计在44周(捐赠者1)或70周(捐赠者2)期间收集了两名捐赠者的粪便样本。微生物组和代谢组使用鸟枪宏基因组学和非靶向代谢组学进行分析

结果有效供体的肠道微生物组长期稳定性非常明显。在UC的两项FMT临床试验中，供体微生物群物种的均匀性是与临床疗效相关的一个强有力的特征，导致患者中供体物种的植入增加。供体肠道菌群的α多样性和β多样性存在显著差异。90种细菌和1种古菌在供体间差异丰度，其中44种相对丰度为>0.1%。44个物种中有17个在有效供体中富集，其中11个(64.7%)组装成高质量基因组，在该供体中普遍存在(≥75%样本)，6个显示在患者中有植入证据。供体之间的分类差异转化为大量的微生物功能差异，并使用代谢组学进行了验证。

结论供体微生物群稳定性和物种均匀性被确定为与UC治疗疗效相关的新指标，而不仅仅是单个微生物物种或代谢物。这些指标可以代表社区弹性，转化为在宿主中更好的植入。

试用注册号ACTRN12619000611123。

  • 溃疡性结肠炎
  • 结肠微生物区系
  • 炎症性肠病

数据可用性声明

数据可以在一个公共的、开放访问的存储库中获得。原始的霰弹枪宏基因组测序和相关的宏基因组组装基因组已提交给欧洲核苷酸档案(ENA)，编号为PRJEB50699。16S rRNA基因扩增子在ENA中公开提供，编号为PRJEB48134。

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2022-327742

数据来自Altmetric.com

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    脚注

    • CH和LDWL是联合第一作者。

    • 推特@LaurenceLuu， @rupertleong， @NOKaakoush

    • CH和LDWL的贡献相同。

    • 贡献者概念化:NOK、RWL、CH、SP、TJB;数据管理:LDWL和NOK。形式分析:NOK和LDWL。融资项目:RWL、NOK、SP、CH、TJB;考察:CH、LDWL、SP、RWL、NOK;监督:NOK, RWL和SP;可视化:NOK;写作(初稿):NOK;写作(审稿、编辑):CH、LDWL、SP、TJB、RWL;担保人:nokia。

    • 资金该研究由The Gutsy Group(2020-2021年)、圣文森特诊所基金会(2019年)、澳大利亚胃肠病学会(2019年、2020年)和NHMRC Ideas赠款(2011047年)资助。CH由皇家澳大拉西亚医学院的研究奖学金资助。SP由NHMRC调查员拨款支持。NOK由新南威尔士大学科学奖学金资助。

    • 相互竞争的利益CH报道了来自杨森、辉瑞、武田、费林、山德士和艾伯维的演讲费用和教育支持。SP曾担任Finch Therapeutics的顾问，并从Ferring, Janssen和Takeda收取演讲费。TJB在消化系统疾病中心拥有金钱利益，是Finch Therapeutics、RedHill Bio和Topelia Aust的医疗顾问，并持有FMT治疗的专利。RWL报告了来自艾伯维、Aspen、Ferring、Celgene、Dr Falk Pharma、诺华、MSD、Chiesi、BMS和Glutagen的个人费用;来自Hospira/Pfizer、Janssen和Takeda的补助金和个人费用;Shire Dr Falk Pharma的资助，在提交的工作之外。所有其他作者都没有利益冲突需要声明。

    • 患者和公众参与患者和/或公众未参与本研究的设计、实施、报告或传播计划。

    • 出处和同行评审不是委托;外部同行评审。

    • 补充材料此内容由作者提供。它没有经过BMJ出版集团有限公司(BMJ)的审查，也可能没有经过同行评审。讨论的任何意见或建议仅是作者的意见或建议，不被BMJ认可。BMJ不承担因对内容的任何依赖而产生的所有责任和责任。如果内容包括任何翻译材料，BMJ不保证翻译的准确性和可靠性(包括但不限于当地法规、临床指南、术语、药品名称和药物剂量)，并且对因翻译和改编或其他原因引起的任何错误和/或遗漏不负责。

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