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炎症性肠病
原始研究
IBD炎症的活检和血液分子生物标志物
  1. 卡门Argmann1，
  2. 瑞雪侯2，
  3. Ryan C Ungaro3.，
  4. Haritz Irizar1，
  5. Zainab Al-Taie1，2，
  6. 瑞琪黄2，
  7. 罗马Kosoy1，
  8. 斯瓦特引导4，
  9. Won-Min歌1，
  10. 安东尼奥·迪纳佐1，5，
  11. Bojan Losic1，
  12. 柯郝1，5，
  13. 劳伦·彼得斯1，
  14. 菲利普·H·科梅拉1，
  15. 加布里埃尔·魏1，
  16. 阿施施Atreja3.，
  17. Milind Mahajan1，5，
  18. Alina Iuga6，
  19. 德赛4，
  20. 帕特里克站4，
  21. 亚历山大Stojmirovic4，
  22. 杰奎琳Perrigoue4，
  23. 嘉莉Brodmerkel4，
  24. 马克•伦4，
  25. 约书亚·R·弗里德曼4，
  26. 艾米哈特4，
  27. Esi Lamouse-Smith4，
  28. Jan Wehkamp4，
  29. Saurabh Mehandru3.，
  30. Eric E Schadt1，5，
  31. 布鲁斯·E·桑兹3.，
  32. Marla C Dubinsky3.，
  33. Jean-Frederic Colombel3.，
  34. 安德鲁Kasarskis1，5，
  35. Mayte Suarez-Farinas1，2
  1. 1遗传与基因组科学系“，，西奈山的伊坎医学院，纽约，纽约美国
  2. 2人口健康科学与政策司，西奈山的伊坎医学院，纽约，纽约美国
  3. 3.亨利·d·贾诺维茨医生消化内科，西奈山的伊坎医学院，纽约，纽约美国
  4. 4詹森研发，春天的房子，宾西法尼亚美国
  5. 5Sema4，斯坦福，康涅狄格美国
  6. 6病理与检验医学系“，，北卡罗来纳大学教堂山分校，教堂山分校，北卡罗莱纳美国
  1. 对应到卡门·阿格曼博士，遗传学和基因组科学，西奈山伊坎医学院，纽约，美国纽约州;carmen.argmann在}{mssm.edu；Mayte博士Suárez-Fariñas;mayte.suarezfarinas在}{mssm.edu

摘要

客观的IBD的治疗和治疗正在向更深层次的缓解发展。疾病的分子测量可能增加目前的终点，包括低侵入性评估的潜力。

设计对西奈山克罗恩病和结肠炎登记处的712例内内镜下定义的炎症(Inf)和1778例非炎症(Non-Inf)肠道活检(n=498例克罗恩病，n=421例UC和243例对照组)进行转录组分析，以识别Inf和非Inf活检之间差异表达的基因，并通过基因集方差分析生成分子炎症评分(bMIS)。循环MIS (cirMIS)评分，反映肠道分子炎症，使用血液转录组数据生成。在四个独立的IBD队列中，bMIS/cirMIS被验证为肠道炎症的指标。

结果bMIS/cirMIS与临床、内镜和组织学疾病活动性指标密切相关。具有相同炎症组织学评分的患者bMIS评分不同，表明bMIS描述的炎症范围更深。在现有的临床试验数据集中，这两种评分都对IBD治疗有反应。尽管基线内窥镜和组织学活动相似，但较低bMIS基线水平的UC患者与较高bMIS基线水平的患者相比，更有可能出现治疗应答。最后，在内镜和组织学缓解的UC患者中，那些bMIS水平较低的患者不太可能随着时间的推移发生疾病发作。

结论基于转录的评分为肠道炎症提供了另一种客观和更深入的量化，可以增强目前用于疾病监测的临床评估，并有可能预测治疗反应和疾病爆发风险较高的患者。

  • 炎症性肠病
  • 分子病理学
  • 分子机制
  • 统计数据
  • 炎症性肠病临床

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数据可以在一个公共的、开放访问的存储库中获得。如有合理要求，可提供资料。RNA-seq和元数据可在GEO上使用，登录号为GSE186507, GSE193677, GSE206285, GSE207465。

http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2021-326451

数据来自Altmetric.com

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    脚注

    • CA和RH是联合第一作者。

    • MCD, J-FC, AK和MS-F是联合资深作者。

    • 贡献者RHo ZA-T和RHu对大部分论文进行了统计分析，并使用SV、CA和MS-F进行了分析。采用HI、RK、AFDN、BL、KH、MM、AA、AI、GW、WS、LP、PHC、AS进行数据生成或准备。RHo和HI负责RNA-seq数据的预处理、质量控制以及存储到公共存储库。CA和MS-F对结果进行解读，撰写稿件并监督分析。RU、AA、SM、MD、BS、SM和J-FC提供患者样本和智力输入。CA、ES、MC、CB、JP、AS、JRF、AH、AK、MC、J-FC、MS-F参与研究概念和设计。所有作者都批判性地修改了手稿。J-FC, AK, MS-F共享高级共同作者。CA, RHo, RU和HI是第一合著者。MS-F和CA是本次研究的担保人，并对整体内容负责。

    • 资金这项工作在一定程度上得到了西奈山伊坎医学院科学计算所提供的计算资源和人员专业知识的支持。所有样本处理均由西奈山伊坎医学院人体免疫监测中心提供。炎症性肠病队列的取样是杨森生物技术公司和西奈山伊坎医学院联合设计的研究联盟的一部分。除了这个例外，没有其他资助者在分析设计和解释中发挥作用。

    • 相互竞争的利益西奈山的共同作者(来自遗传学和基因组学，伊坎数据科学和基因组技术研究所，人口健康科学与政策，消化病学，儿科GI和肝病科，苏珊和伦纳德·范斯坦IBD临床中心，位于西奈山的伊坎医学院)得到了部分资助，作为詹森生物技术和西奈山伊坎医学院研究联盟的一部分。SV, PTD, PB, AS, JP, CB, MC, EL-S和JW是杨森生物技术公司的员工。Joshua R. Friedman是杨森生物技术公司的前员工。KH, MM, AK, AD和ES是Sema4的员工。BS, J-FC和MCD是杨森的顾问。MCD是杨森的顾问委员会成员。

      RCU曾担任AbbVie、Bristol Myers Squibb、Janssen、Pfizer和Takeda的顾问委员会成员或顾问;艾伯维、勃林格殷格翰、礼来和辉瑞的研究支持。

      B.E.S.披露了以下信息:来自4D Pharma、艾伯维、艾尔建、安进、Arena Pharmaceuticals、阿斯利康、勃林格殷格翰、波士顿制药、卡佩拉生物科学、Celgene、Celltrion Healthcare、EnGene、Ferring、Genentech、吉利德、霍夫曼-拉罗氏、Immunic、Ironwood Pharmaceuticals、杨森、礼来、Lyndra、MedImmune、Morphic Therapeutic、Oppilan Pharma、OSE Immunotherapeutics、大冢、Palatin Technologies、辉瑞、Progenity、普罗米修斯实验室、Redhill Biopharma、Rheos Pharmaceuticals、Seres Therapeutics、Shire、Synergy Pharmaceuticals、Takeda、Target PharmaSolutions、Theravance Biopharma R&D、TiGenix和Vivelix Pharmaceuticals;在武田、杨森、礼来、吉利德、辉瑞和Genetech的CME项目中演讲的荣誉;以及来自Celgene, Pfizer, Takeda, Theravance Biopharma R&D和Janssen的研究资金。

      M.C.D.披露了来自艾伯维、爱力根、安进、Arena制药、阿斯利康、勃林格殷格翰、Celgene、Ferring、Genentech、吉利德、霍夫曼-拉罗氏、杨森、辉瑞、普罗米修斯生物科学、武田和Target Pharmaceuticals的咨询费用，以及来自艾伯维、杨森、辉瑞和普罗米修斯生物科学武田的研究资金。

      J-F.C。报告:接受艾伯维、杨森制药和武田的研究资助;接受艾伯维、安进、艾尔建、费林制药、夏尔和武田的讲座费用;接受来自艾伯维、安进、Arena制药、勃林格殷格翰、Bristol Myers Squibb、Celgene Corporation、礼来、Ferring Pharmaceuticals、Galmed Research、葛兰素史克、日内瓦、Iterative Scopes、杨森制药、Kaleido生物科学、Landos、大冢、辉瑞、普罗米theus、赛诺菲、武田和TiGenix的咨询费用;持有肠道生物技术开发公司的股票期权。

      S.M.获得了来自Takeda Pharma和Genentech的研究者发起的拨款资金，并曾担任Takeda Pharma、Genentech、Morphic和葛兰素史克的顾问或付费演讲者。RCU由NIH K23职业发展奖(K23KD111995-01A1)资助。CA, LP, PHC, GW和ES部分得到了Leona M.和Harry B. Helmsley慈善信托基金的支持，LP, ES, CA和PHC还得到了RC2 DK122532/DK/NIDDK NIH的支持。

    • 患者和公众参与患者和/或公众没有参与本研究的设计、实施、报告或传播计划。

    • 出处和同行评审不是委托;外部同行评审。

    • 补充材料此内容由作者提供。它没有经过BMJ出版集团有限公司(BMJ)的审查，也可能没有经过同行评审。讨论的任何意见或建议仅是作者的意见或建议，不被BMJ认可。BMJ不承担因对内容的任何依赖而产生的所有责任和责任。如果内容包括任何翻译材料，BMJ不保证翻译的准确性和可靠性(包括但不限于当地法规、临床指南、术语、药品名称和药物剂量)，并且对因翻译和改编或其他原因引起的任何错误和/或遗漏不负责。

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